uchime - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

uchime - fasta ファイルと参照ファイルを読み取り、潜在的なキメラ配列を出力します

DESCRIPTION

chimera.uchime コマンドは、fasta ファイルと参照ファイルを読み取り、潜在的に出力します。
キメラ配列。 オリジナルのうちめプログラムは Robert C. Edgar によって書かれました。

SYNOPSIS

うちめ - 入力 query.fasta [--db db.fasta] [--uchimeout results.uchime]

[--uchimealns 結果.alns]

OPTIONS

- 入力 ファイル名

FASTA 形式のクエリ シーケンス。 もし --db オプションは指定せず、uchime を使用
デノボ検出。 de novo モードでは、相対存在量は文字列で指定する必要があります
/ab=xxx/ はラベルのどこかにあり、xxx は浮動小数点数です。
>F00QGH67HG/ab=1.2/.

--db ファイル名

FASTA 形式の参照データベース。 オプション、指定されていない場合、うちめは de novo を使用します
モード。

***警告*** データベースはプラス ストランドでのみ検索されます。 含める必要があります
両方の鎖が必要な場合は、データベース内の逆相補配列
検索しました。

--abskew x

存在量の最小スキュー。 デフォルトは 1.9 です。 de novo モードのみ。 アバンダンス スキューは次のとおりです。

min [ abund(parent1), abund(parent2) ] / abund(query)。

--うちめアウト ファイル名

クエリ シーケンスごとに XNUMX つのレコードを含むタブ形式で出力します。 最初のフィールドはスコアです
(h)、XNUMX 番目のフィールドはクエリ ラベルです。 詳細については、マニュアルを参照してください。

--内食 ファイル名

人間が読める形式での親へのクエリ配列の複数のアラインメント。
アラインメントは、キメラをサポートまたは矛盾する違いのある列を示します
モデル。

--ミン h

キメラを報告する最小スコア。 デフォルトは 0.3 です。 0.1 から 5 までの値は、
適正。 値が低いほど感度は高くなりますが、より多くの誤検知が報告される可能性があります。
減らしたら --xn、増やす必要があるかもしれません --ミン、 およびその逆。

--mindiv div要素

最小発散率、デフォルトは 0.5。 分割率は 100% - クエリ間の %identity
シーケンスと親になるための最も近い候補。 あまり気にしなければ
キメラを閉じると、増加する可能性があります --mindiv たとえば、1.0 または 2.0、さらには
減少 -分 h を 0.1 にすると、感度が上がります。 これがどれだけうまく機能するか
あなたのデータに依存します。 最良の方法は、適切なベンチマークでパラメーターを調整することです。

--xn ベータ

ベータ パラメータとも呼ばれる、反対票の重み。 デフォルトは 8.0 です。 これを減らす
重みを 3 または 4 程度にすると、ノイズ除去されたデータのパフォーマンスが向上する可能性があります。

--dn n

無投票数の疑似カウント。 デフォルトは 1.4 です。 おそらく正当な理由はない
データの適切なベンチマークに戻れない限り、これを変更してください。 適正
値はおそらく 0.2 から 2 の範囲にあります。

--xa w

棄権票の重み。 デフォルト 1。これまでのところ、結果はあまり良くないようです。
このパラメーターには敏感ですが、優れたトレーニング セットがある場合は価値があるかもしれません
しようとしています。 妥当な値は 0.1 から 2 の範囲です。

--チャンク n

親を検索するときにクエリ シーケンスから抽出するチャンクの数。
デフォルトは4です。

--[no]ovchunks

[しない] 重複するチャンクを使用します。 デフォルトではありません。

--ミンチャンク n

チャンクの最小長。 デフォルトは 64 です。

--idsmoothwindow w

ID スムージング ウィンドウの長さ。 デフォルトは 32 です。

--minsmoothid f

候補の親の平滑化されたウィンドウに対する最小の派閥アイデンティティ。 デフォルトは 0.95 です。

--maxp n

考慮する候補の親の最大数。 デフォルト 2。これまでのテストでは、
の増加 --maxp 感度の改善はごくわずかですが、
エラー率をかなり上げます。

--[いいえ]スキップギャップ --[いいえ]スキップギャップ2

これらのオプションは、ギャップのある列が差分のカウントにどのように影響するかを制御します。 もしも --スキップギャップ
が指定されている場合、ギャップを含む列は差分として検出されません。 もしも --skipgaps2 is
指定された場合、列がギャップを含む列のすぐ隣にある場合、それは
差分としてカウントされません。 デフォルトは --スキップギャップ --skipgaps2.

--ミンレン L -- マックスレン L

シーケンスの最小長と最大長。 デフォルトは 10、10000 です。クエリと
参照シーケンス。

--ucl

ローカル X アライメントを使用します。 デフォルトはグローバル X です。 これまでのテストでは、global-X は常に
より良い; このオプションは、将来のタイプでうまく機能する可能性があるため、保持されます
データ

--クエリフラクト f

ローカル X アラインメントでカバーする必要があるクエリ シーケンスの最小部分。
デフォルトは 0.5 です。 場合にのみ適用されます。 --ucl 指定されています。

- 静かな

stderr に進行状況メッセージを表示しません。

- ログ ファイル名

その他の情報をログ ファイルに書き込みます。 主に私が興味を持っている (
アルゴリズム開発者)。 使用 -詳細 詳細情報を取得します。

- 自己

参照データベース モードで、同じラベルを持つ参照配列を除外する
クエリとして。 これは、ref db をクエリとして使用してベンチマークを行うのに役立ちます。
偽陽性をテストします。

--abskew
助けます

--吸収
助けます

--abx
助けます

--すべてのペア
助けます

- アルファ
助けます

- バンド
助けます

--blast6out
助けます

--[いいえ]blast_termgaps
助けます

--ブラストアウト
助けます

- バンプ
助けます

--[いいえ]cartoon_orfs
助けます

--cc
助けます

--chain_evalue
助けます

--chain_targetfract
助けます

-- チェーンヒット
助けます

--チェーンアウト
助けます

--チャンク
助けます

--clstr2uc
助けます

--クランプ
助けます

--clump2fasta
助けます

--クランプファスタ
助けます

--クランプアウト
助けます

- 集まる
助けます

--コンパイラ情報
コンパイラの型と #defines に関する情報を stdout に書き込みます。

--computekl
助けます

--db
助けます

--dbstep
助けます

--[いいえ]denovo
助けます

--デレプ
助けます

--diffchar
助けます

--dn
助けます

-- ダグ
助けます

--droppct
助けます

--evalue
助けます

--evalue_g
助けます

- ちょうど
助けます

--[いいえ]fastalign
助けます

--ファストペア
助けます

--fastq2fasta
助けます

--フィンドルフ
助けます

--[いいえ]フラッシュク
助けます

- フレーム
助けます

--fスペナルティ
助けます

--gapext
助けます

--ガポペン
助けます

--getseqs
助けます

- グローバル
助けます

- ハッシュ 助けます

--ハッシュサイズ
助けます

- 助けて コマンドライン オプションを表示します。

-- 貸し出し
助けます

--hspalpha
助けます

--id
助けます

--idchar
助けます

--iddef
助けます

--idprefix
助けます

--ID
助けます

--idsmoothwindow
助けます

--idsuffix
助けます

--indexstats
助けます

- 入力
助けます

--[いいえ]isort
助けます

--k
助けます

--ka_dbsize
助けます

--ka_gapped_k
助けます

--ka_gapped_lambda
助けます

--ka_ungapped_k
助けます

--ka_ungapped_lambda
助けます

--[いいえ]label_ab
助けます

-ラベル
助けます

--[いいえ]leftjust
助けます

--左へ
助けます

- ローカル
助けます

- ログ
ログファイル名。

--[いいえ]log_hotits
助けます

--[いいえ]log_query
助けます

--[no]logmemgrows
助けます

--logopts
ログ オプション。

--[いいえ] logwordstats
助けます

--ロオープン
助けます

--makeindex
助けます

- マッチ
助けます

- マトリックス
助けます

--max2
助けます

--maxaccepts
助けます

--maxclump
助けます

-- マックスレン
助けます

--maxovd
助けます

--maxp
助けます

--maxpoly
助けます

--maxqgap
助けます

--maxrejects
助けます

--maxspan1
助けます

--maxspan2
助けます

--最大ターゲット
助けます

--maxtgap
助けます

--mcc
助けます

--マージクランプ
助けます

--マージソート
助けます

--ミンチャンク
助けます

--ミンコドン
助けます

--mindiffs
助けます

--mindiv
助けます

--ミン
助けます

--minhsp
助けます

--ミンレン
助けます

--minorfcov
助けます

--minspanratio1
助けます

--minspanratio2
助けます

--[no]minus_frames
助けます

- ミスマッチ
助けます

--mkctest
助けます

--[いいえ]nb
助けます

- 最適な
助けます

--orfstyle
助けます

--otusort
助けます

- 出力
助けます

--[いいえ]output_rejects
助けます

--probmx
助けます

-クエリ
助けます

--クエリフラクト
助けます

--クエリレン
助けます

- 静かな
進行状況メッセージをオフにします。

-- ランシード
助けます

--再調整
助けます

--[いいえ]rev
助けます

--[いいえ]正しい
助けます

--ローレン
助けます

--秒
助けます

--種子
助けます

--seedsout
助けます

--seedt1
助けます

--seedt2
助けます

- 自己 助けます

--[いいえ]自分自身
助けます

--simcl
助けます

--[いいえ]スキップギャップ
助けます

--[いいえ]スキップギャップ2
助けます

- 選別
助けます

--ソータック
助けます

--希薄主義者
助けます

--sparsedistparams
助けます

- スプリット
助けます

--[いいえ]ssort
助けます

--sペナルティ
助けます

--[no]stable_sort
助けます

--staralign
助けます

--ステップワード
助けます

--ストランド
助けます

--targetfract
助けます

--ターゲットレン
助けます

--tmpdir
助けます

--[いいえ]トレース
助けます

--トレースステート
助けます

--[いいえ]トランラベル
助けます

--[いいえ]XNUMX ヒット
助けます

--uc
助けます

--uc2clstr
助けます

--uc2fasta
助けます

--uc2fastax
助けます

--うちめ
助けます

--内食
助けます

--うちめアウト
助けます

--[いいえ]ucl
助けます

--うひれ
助けます

-- 未開封
助けます

-- ユーザーフィールド
助けます

--userout
助けます

--usersort
助けます

--uslink
助けます

--[いいえ]ソート
助けます

--utax
助けます

--[いいえ]冗長
助けます

- バージョン
バージョンを表示して終了します。

--w
助けます

--weak_evalue
助けます

--weak_id
助けます

--[no]wordcountreject
助けます

--[いいえ]ワードウェイト
助けます

--xa
助けます

--xdrop_g
助けます

--xdrop_nw
助けます

--xdrop_u
助けます

--xdrop_ug
助けます

--xframe
助けます

--xlat 助けます

--xn
助けます

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