これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド ugene です。
プログラム：
NAME
ウジェネ - 統合されたバイオインフォマティクス スイート
SYNOPSIS
ユージーン -ui
ユージーン [OPTIONS]
DESCRIPTION
ウジェネ は、DNA およびタンパク質配列解析のためのクロスプラットフォーム環境です。 ウジェネ
最も一般的なバイオインフォマティクスの計算アルゴリズムを統合し、両方の GUI を提供します
ゲノムデータの複雑な分析を実行するためのコマンドラインインターフェイス。
の主な特徴 ウジェネ:
* 注釈付きの DNA またはタンパク質配列の表示と分析
* クロマトグラムの可視化と編集
* PDB および MMDB 形式のファイル用の統合 3D ビューア
* NCBI データベースへの検索要求の統合サポート
* MUSCLE3、MUSCLE4、および KAlign を使用した複数配列アラインメント
* HMMER2 および HMMER3 のソースに基づいて、HMM プロファイルが作成および検索されます
* GORIV および PsiPred に基づく最新のタンパク質二次構造予測アルゴリズム
* Phylip による系統解析
* Primer3 パッケージを使用した PCR プライマーの設計
* インシリコでのクローニング
* SITECONを使用してDNA配列中の転写因子結合部位を検索
*制限酵素の検索とREBASEとの統合
* 直接反復と逆反復の検索
* Bowtie を使用した DNA リファレンス アセンブリ
* タンパク質逆翻訳
* ORFの検索
* 複雑な計算ワークフローとクエリのデザイナー
ウジェネ モジュール構造を持ち、ほとんどすべての機能がプラグイン内にあります。
内部的に ウジェネ 使用から利益を得るために並列処理をサポートするように設計されています
マルチコア コンピューター。 のすべての計算タスク ウジェネ バックグラウンドで実行され、
グラフィカル インターフェイスとのユーザー インタラクションをブロックしません。
OPTIONS
-ui の GUI バージョンを実行する ウジェネ
- 助けて すべてのコマンドライン オプションとプログラムを簡単にまとめた使用法メッセージを出力します。
バージョンを選択してから終了します。
- ライセンス
ライセンス情報のダンプ
--タスク= or スキーマ名> [スキーマオプション]
指定されたワークフロー スキーマを実行する
--ステータスバーの非表示
タスク ステータス バーを表示しない
--ini ファイル =
カスタム UGENE 設定ファイルを読み込む
--log-no-show-level
ログにメッセージ レベルを表示しない
--log-no-show-date
ログに日時情報を表示しない
--log-no-show-category
ログにメッセージ カテゴリを表示しない
-- ログ レベル トレース
トレース ログ メッセージを表示する
--ログレベル-なし
ログメッセージを表示しない
-- ログレベル情報
エラーおよび情報ログ メッセージを表示する (デフォルト)
-- ログレベルエラー
エラー ログ メッセージのみを表示する
-- ログレベルの詳細
詳細ログメッセージを表示
--log-color-output
色付きの出力メッセージ
--タスクリモートマシン=
指定されたリモート マシンで指定されたタスクを実行する
--ugene-ステイアライブ
与えられたタスクを終えた後、ugene を停止しない
--transl=
指定された言語の翻訳を読み込みます。 言語は XNUMX 文字の ISO として指定されます
639言語コード
コマンド
ウジェネ には、最も重要な機能のコマンドがあります。 コマンドは次のように実行できます
ユージーン [コマンド引数]
ユージーン --タスク= [コマンド引数]
実行中の各コマンドのヘルプを表示 ユージーン --ヘルプ= .
使用可能なコマンドのリストは、次を使用してダンプできます ユージーン - ヘルプ。
onworks.net サービスを使用して ugene online を使用する
