これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド vcf-subset です。
プログラム：
NAME
vcf-subset - VCF ファイルのサブセットを作成します
SYNOPSIS
vcf-サブセット [OPTIONS] .vcf.gz内 > out.vcf
OPTIONS
-c, -列
vcf ファイルに保持するファイルまたは列のカンマ区切りのリスト。 ファイルの場合は XNUMX つ
行ごとの列
-e, --除外参照
バリアントを含まない行を除外します。
-p, - プライベート
サブセット列のみが代替対立遺伝子を持つ行のみを出力します。
-r, --replace-with-ref
除外されたタイプをドットの代わりに参照対立遺伝子に置き換えます。
-t, - タイプ
含めるバリアント タイプのカンマ区切りリスト: SNP、インデル。
-u, --keep-uncall
呼び出しのない行を除外しないでください。
-h、-?、 - 助けて
このヘルプメッセージ。
例
猫の.vcf | vcf-サブセット -r -t インデル -e -c サンプル 1 > out.vcf
onworks.net サービスを使用してオンラインで vcf-subset を使用する
