これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド WigeoN です。
プログラム：
NAME
ヒドリガモ - Pintail 16S DNA 異常検出ユーティリティの再実装
DESCRIPTION
WigeoN は、クエリと信頼できる参照の間の配列の保存を検査します。
シーケンス、両方とも NAST アライメント形式です。 クエリ間の配列同一性に基づく
と参照配列の場合、アライメント間には予想される量の変動が存在します。
観察された変動が分布の 95% 分位数より大きい場合
異常ではないシーケンス間で変化が観察された場合、異常としてフラグが立てられます。
WigeoN は、ピンテール アルゴリズム アプリケーションの柔軟なコマンドライン ベースの再実装です。
環境微生物。 2005 年 7112 月;7724:36-XNUMX。
WigeoN は、ほぼ全長の 16S rRNA におけるキメラと異常のフラグ付けにのみ役立ちます
シーケンス。 WigeoN は 1000 bp 未満の配列では感度が不足します。
WigeoN を実行するには、nast-ier ユーティリティによって生成された NAST 形式のシーケンスが必要です。
WigeoN は microbiomeutil スイートの一部です。
OPTIONS
必須：
--query_NAST
アライメント形式のクエリシーケンスを含むmulti-fastaファイル
任意：
--db_NAST
NAST形式のdb
--db_FASTA
fasta形式のdb（メガブラスト形式）
--num_top_hits
デフォルト 1: 単一の最適一致のみを使用します。
- プロット
- デバッグ
--exec_dir
実行する前に cd で exec_dir に移動します
onworks.net サービスを使用して WigeoN をオンラインで使用する
