wiggle2gff3p-クラウドでのオンライン

プログラム：

NAME

wiggle2gff3.pl-UCSCWIG形式のファイルをgff3ファイルに変換します

SYNOPSIS

wiggle2gff3.pl[オプション]WIG_FILE>load_data.gff3

UCSCWIG形式のファイルをGBrowseへのロードに適したgff3ファイルに変換します
データベース。 CNV、SNP、発現などの高密度定量データに使用されます
配列。

DESCRIPTION

xyplotを使用して表示する高密度の定量的データがある場合は、このコンバーターを使用します。
密度、またはヒートマップグリフ、およびGBrowseにロードするにはデータ項目が多すぎます（数千）。 これ
定量的データを含むXNUMXつ以上のスペース効率の良いバイナリファイルを作成します。
また、Chadoまたは他のGBrowseデータベースにロードできる小さなGFF3ファイルもあります。

一般的な使用法は次のとおりです。

％wiggle2gff3.pl --method = microarray_oligo my_data.wig> my_data.gff3

オプション
次のオプションが受け入れられます。

--method = を表すGFF3ラインのメソッドを設定します
トラック内の各定量的データポイント。
デフォルトは「microarray_oligo」です。

--ソース= GFF3ファイルのソースフィールドを設定します。 デフォルトは
なし。

--gff3 GFF3形式のファイルを作成します（デフォルト）

--featurefile「featurefile」形式のファイルを作成します-これは
GBrowseのアップロードに使用される簡略化された形式。 これ
オプションは--gff3オプションと互換性がありません。

--sample trueの場合、非常に大きなファイル（> 5 MB）がサンプリングされます
最小、最大、標準偏差を取得する。 それ以外は
これらの統計を取得するために、ファイル全体がスキャンされます。
これにより、ファイルの処理が速くなりますが、外れ値を見逃す可能性があります
値。

--path = バイナリウィグルを配置するディレクトリを指定します
ファイル。 デフォルトは現在の一時ディレクトリです
(/ tmpに または、オペレーティングシステムに適したもの）。

--base = 「--path」と同じです。

--tracknameは、wigfile作成のトラック名ベースを指定します

--helpこのドキュメント。

このスクリプトは、省略されたオプションを含むさまざまなオプションスタイルを受け入れます
（"--meth = foo"）、単一文字オプション（ "-m foo"）、およびその他の一般的なバリアント。

バイナリ ぐらつき ファイル
このユーティリティによって作成されたバイナリの「ウィグル」ファイルは、
Bio :: Graphics::Wiggleモジュール。 定量的データは1〜255の範囲にスケーリングされます
（精度は大幅に低下しますが、データの視覚化には十分すぎるほどです）、保存されます
各ファイルが単一の染色体の長さに対応するパック形式または
コンティグ。

作成したバイナリファイルは、注意が必要な場合を除いて、移動したり名前を変更したりしないでください。
GFF3の「wigfile」属性で指定されたパス名に対応する変更を加えます
ファイルの計画行。 cpコマンドを使用してコピーすることにも注意する必要があります
バイナリファイル; それらは、欠落データがないように「穴」でフォーマットされています
ディスク上のスペースを占有します。 それらをcpすると、穴はゼロで埋められ、
スペースの節約は失われます。 --sparseオプションを指定して「tar」コマンドを使用することをお勧めします。
ファイルをある場所から別の場所に移動します。

例: かつら File
この例はhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

＃ファイル名：example.wig
#
＃300ベース幅の棒グラフ、autoScaleはデフォルトでオンになっています==グラフ
＃制限は動的に変更され、常に全範囲のデータが表示されます
＃表示ウィンドウで、priority=20はこれをXNUMX番目のグラフとして位置付けます
＃注、ベッド形式で使用されているゼロ相対のハーフオープン座標系
track type = wiggle_0 name = "Bed Format" description = "BED format" \
可視性=フルカラー=200,100,0altColor=0,100,200優先度=20
ch19 59302000 59302300 -1.0
ch19 59302300 59302600 -0.75
ch19 59302600 59302900 -0.50
ch19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
＃任意の間隔の位置での150ベース幅の棒グラフ、
＃y=11.76に引かれたしきい値線
＃[0:25]に設定された表示範囲の自動スケールオフ
＃priority = 10は、これを最初のグラフとして位置付けます
＃注：この形式で使用されているXNUMX相対座標系
track type = wiggle_0 name = "variableStep" description = "variableStep format" \
可視性=フルautoScale=off viewLimits = 0.0：25.0 color = 255,200,0 \
yLineMark = 11.76yLineOnOff=優先度=10
variableStep chrom = chr19 span = 150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
＃200塩基ごとに300塩基幅のポイントグラフ、50ピクセルの高さのグラフ
＃autoScaleをオフにし、表示範囲を[0：1000]に設定
＃priority = 30は、これをXNUMX番目のグラフとして位置付けます
＃注：この形式で使用されているXNUMX相対座標系
track type = wiggle_0 name = "fixedStep" description="固定ステップ"visibility= full \
autoScale = off viewLimits = 0：1000 color = 0,200,100 maxHeightPixels = 100：50：20 \
グラフタイプ=ポイント優先度=30
fixedStep chrom = chr19 start = 59307401 step = 300 span = 200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

次のコマンドを使用して、これをロード可能なGFF3ファイルに変換できます。

wiggle2gff3.pl --meth = example --so = example --path = / var / gbrowse / db example.wig \
> example.gff3

出力は次のようになります。

## gff-バージョン3

chr19の例例59302001。 。 。 Name = Bed Format; wigfile = / var / gbrowse / db / track59304700.chr001.wig
chr19の例例59304701。 。 。 Name = variableStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track59308020.chr002.wig
chr19の例例59307401。 。 。 Name = fixedStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track59310400.chr003.wig

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