これは、Linux オンラインで実行する BamBam という名前の Linux アプリで、その最新リリースは bambam-1.4.tgz としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
BamBam という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
Linuxオンラインで実行するBamBam
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DESCRIPTION
BamBam には、DNA 次世代シーケンス データを分析するためのツールが多数含まれています。 SNP とインデルの呼び出し、大規模な欠失の特定、マップされたリード数の表作成、メチル化分析などを行うためのツールが提供されています。SAMtools に依存します (http://samtools.sourceforge.net/) および BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools）。 ダウンロード tarball に含まれる BioPerl も使用します。
オプション
- SNP とインデルを呼び出す
- 遺伝子型を代入する
- コンセンサスシーケンスを構築する
- マップされたリードの数を表にまとめる (RNA-seq)
- K 平均法クラスタリングによるハプロタイプ フェーズの推定
- DNA メチル化の分析 (重亜硫酸塩シーケンス)
Audience
科学/研究
プログラミング言語
Perl、C ++
これは、https://sourceforge.net/projects/bambam/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
