これは BarraCUDA Fast Short Read Aligner という名前の Linux アプリで、Linux オンラインで実行され、最新リリースは barracuda_0.7.107h.tar.gz としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
BarraCUDA Fast Short Read Aligner という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linuxオンラインで実行するBarraCUDA Fast Short Read Aligner
DESCRIPTION
Barracuda は、Sanger の BWA に基づく高速シーケンス アライナーであり、最新の Nvidia CUDA アーキテクチャを利用して、次世代シーケンサーによって生成されたシーケンス リードのアライメントを高速化します。オプション
- Ubuntu 16.04 でのソフトウェアのコンパイルに関する問題を修正しました
- 微調整: SAMPE 8 コアの制限が解除されました
- NVIDIA CUDA アクセラレーションを使用した FM インデックス シーケンス読み取りマッパー ソフトウェア
- ダウンストリーム分析用に SAM 形式で出力
- コンピューティング機能 3.5 以降と少なくとも 1GB VRAM を備えた NVIDIA グラフィックス カードが必要です
- NVIDIA CUDA SDK ツールキット 6.x 以降および NVIDIA ドライバー 340 以降が必要です
- BarraCUDA は、BMC Research Notes 2012、5:27、doi:10.1186/1756-0500-5-27 に公開されています。
- 論文URL: http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- このプロジェクトは、ケンブリッジ大学の CUDA Center of Excellence によって支援されています。
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
C ++、C
これは、https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
