これは HSRA という名前の Linux アプリで、最新リリースは HSRA-v1.1.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
OnWorks を使用して HSRA という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
HSRA
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DESCRIPTION
HSRA は、RNA シーケンス (RNA-seq) 実験からのリードをマッピングするための MapReduce ベースの並列ツールです。 RNA-seq 解析は通常、リードの起源の位置を決定するために、リードを参照ゲノムにマッピングすることから始まりますが、これは非常に時間のかかるステップです。 このツールを使用すると、バイオインフォマティクス研究者は、高速マルチスレッド スプライシング アライナー (HISAT2) と、スケーラブルなビッグ データ処理のための分散コンピューティング フレームワークである Apache Hadoop を組み合わせることにより、マッピング タスクをクラスターのノードに効率的に分散できます。
HSRA は現在、FASTQ/FASTA データセットからのシングルエンドおよびペアエンドの読み取りアライメントをサポートしています。 さらに、このツールは Hadoop シーケンス パーサー (HSP) ライブラリ (上記のリンク) を使用して、Hadoop 分散ファイル システム (HDFS) に保存されている入力データセットを効率的に読み取り、Gzip および BZip2 コーデックで圧縮されたデータセットを処理できます。
Audience
情報技術、ヘルスケア産業、科学/研究
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル、コマンドライン
プログラミング言語
Java
カテゴリー
これは https://sourceforge.net/projects/hsra/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
