これは、Linux オンラインで実行する Javamony という名前の Linux アプリで、その最新リリースは Javamony.jar としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
Javamony という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linuxオンラインで実行するJavamon
DESCRIPTION
あまり成功しなかったPysimonyに基づいて（https://sourceforge.net/projects/pysimony/）、同じ決心した学生が系統発生の問題にもう一度挑戦します。Javamonyは次のように呼び出されます。
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [ランダム/段階的（開始ツリー）] [ブートストラップの数] [外群分類群＃1] [外群分類群＃2] .. ..
競争力のある系統発生推論プログラムとして意図されたものではありませんが、Javamonyは、系統発生学の基本的な問題に取り組み、解決することを学びながら、Java言語を習得する機会です。 したがって、私自身の教育上の利益のために、すべてのコードはオリジナルです。 もちろん、おそらくかなりの間違いもあります。
私はPysimonyと同じように、Javamonyを配布します。これは、他の誰かにとって教育的価値があるか、少なくとも漠然と面白いものになることを願っています。
今後の機能は次のとおりです。
-アミノ酸配列のサポート
-追加のファイル形式のサポート（例：Nexus）
-マルチスレッド
-追加のスコアリング方法（最尤法など）
オプション
- 最大節約を使用します
- FASTA入力ファイルを読み取ります（DNAのみ）
- ユーザーが確立した外群
- ランダムで段階的な追加の開始ツリー
- SPR（サブツリーの剪定と再移植）ツリー検索を使用します
- ブートストラップを実行します
- ブートストラップサポートとブランチ長を備えた標準のNewick形式を出力します
- ブートストラップをサポートして最終ツリーを描画します
Audience
科学/研究、教育
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
Java
これは、https：//sourceforge.net/projects/javamony/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
