これは JSiteDescriptor という名前の Linux アプリで、最新リリースは binaries.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
JSiteDescriptor with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
JSiteDescriptor
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DESCRIPTION
PDB ファイルから座標情報と化学情報を抽出する Java プログラムのセット。
結合部位領域は、グリッドベースのスキームを使用して抽出されます。
結合部位については、Kalidas 博士 (このプロジェクトの著者でもあります) の PocketMatch アルゴリズムに基づいて空間化学記述子が生成されます。
オプション
- 結合部位の PocketMatch ベースのベクター記述子の生成
- 単一 PDB ファイル モードまたはバッチ モードで実行する
- リガンド近傍としての部位の指定 - (リガンドコード、名前、およびチェーン ID)
- REGULAR EXPRESSIONS を使用した PDB サブセット近傍としてのサイトの指定
- 結合部位を裏打ちする複数の範囲の原子の特定
- バッチ モード処理ファイルは XML ファイルを通じて入力パラメータを取得 + XSD 仕様に準拠
- 優れた構成可能性 - サイトの残基グループの選択、半径およびカテゴリ
- GUI用のJava Swingテクノロジー
- 将来の開発に備えたシンプルで拡張可能なソフトウェア アーキテクチャ
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
Java Swing
プログラミング言語
Java
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
