これは、オンライン Linux で実行する MDcons (Molecular Dynamics consensus) という名前の Linux アプリで、最新リリースは mdcons-src-2.0.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
MDcons (Molecular Dynamics consensus) という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linux 上でオンラインで実行する MDcons (分子動力学コンセンサス)
DESCRIPTION
MDcons は、タンパク質、Rna、Dna、リガンドベースの複合体の分子動力学 (MD) シミュレーション中に保存された接触を分析するツールです。 入力は、分子動力学軌跡または一連のスナップショットのいずれかです。 入力は単一のスナップショットにすることもできます。 出力は、(1) MD 中に保存される頻度が最も高い/より低い連絡先のマップ (2) MD 中に保存される頻度が最も高い/より低い連絡先のリストです。オプション
- MDcons は 2000 以上の MD スナップショットを 2 分以内に実行します
- MDcons はタンパク質、RNA、DNA 複合体の両方を処理します
- MDcons はチェーン識別子の有無にかかわらず軌跡/スナップショットを処理します
- MDcons は GROMACS と互換性があります
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル、コマンドライン
プログラミング言語
Fortran、Python
これは、https://sourceforge.net/projects/mdcons/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
