これは、オンライン Linux で実行する MICA-aligner という名前の Linux アプリで、最新リリースは mica-GPLv3.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
MICA-aligner という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
Linuxオンラインで実行するMICA-aligner
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DESCRIPTION
GitHub の最新コード:https://github.com/aquaskyline/MICA-aligner
MIC 対応コンピュータを NGS データ解析に有効に活用するために、MIC の制限と各 MIC コア内の余分な並列処理を考慮して最適化された新しいショートリード アライナ MICA を開発しました。 150 bp ペアエンド読み取りのアラインメントに関する実験では、4.85 つの MIC ボードを使用した MICA が CPU (マルチコア) ベースの BWA-MEM よりも約 3 倍高速であり、GPU ベースの SOAP3-dp とほぼ同じ速度であることが示されています。 さらに、MICA のシンプルさにより、ノード内で複数の MIC ボードが使用される場合に非常に効率的なスケールアップが可能になります (14 枚のカードにより、6 コア BWA-MEM と比較して XNUMX 倍の速度向上が得られます)。
Audience
科学/研究、教育、工学
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
C + +
データベース環境
フラットファイル
これは https://sourceforge.net/projects/mica-aligner/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
