これは、P3BSseq_v3.zip としてダウンロードできる最新リリースを Linux オンラインで実行するための P2.1BSseq という名前の Linux アプリです。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
P3BSseq という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linuxオンラインで実行するP3BSseq
DESCRIPTION
重亜硫酸塩シーケンス (BSseq) 処理は、次世代シーケンス (NGS) アプリケーションの中で最も扱いにくいものの 3 つです。 いくつかの BSseq 処理ツールが利用可能ですが、それらは分散しており、複雑なパラメータを必要とし、実行時間とメモリ使用量が多くかかります。 当社は、BSseq リードの高速、正確、自動分析のための並列処理パイプラインである P3BSseq を開発しました。これは、トリミング、位置合わせ、注釈付け、中間結果の記録、亜硫酸水素塩変換品質評価の実行、BED メチロームの生成、NIH 規格に準拠したレポート ファイルを行います。 P3BSseq は、実行時間やコンピュータのハードウェア要件に関して、既知の BSseq マッパーよりも優れたパフォーマンスを発揮します。 方向性ライブラリと非方向性ライブラリの両方、および全ゲノムと縮小表現 BSseq のシングルエンドとペアエンドの両方の読み取りに対して、P3BSseq パラメーターを最適化しました。 PXNUMXBSseq は、BSseq アップストリーム分析のためのユーザーフレンドリーな合理化されたソリューションであり、基本的なコンピューターと NGS の知識のみが必要です。オプション
- 次世代シーケンス (NGS) データ処理
- DNAメチロミクス解析
- 並列処理
- 重亜硫酸塩シーケンスの減少表現 (RRBS)
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル
プログラミング言語
Python
これは https://sourceforge.net/projects/p3bsseq/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
