これは PBSuite という名前の Linux アプリで、最新リリースは PBSuite_15.8.24.tgz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
PBSuite with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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PBスイート
DESCRIPTION
これは現在、AdamEnglishによって作成および保守されているXNUMXつのプロジェクトをホストしています。
PBJelly-ゲノムアップグレードツール。
PBHoney-構造変異発見ツール
どちらも、ダウンロードに含まれるPBSuiteコードに含まれています。
----- PBゼリー -----
論文を読む
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0047768
PBJellyは高度に自動化されたパイプラインであり、長いシーケンスリード（PacBio RSリードやfasta形式の長い454リードなど）を信頼性の高いドラフトアセンブルにアラインメントします。 PBJellyは、キャプチャされたギャップを可能な限り埋めるか減らして、アップグレードされたドラフトゲノムを生成します。
----- PBハニー -----
論文を読む
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/180/abstract
PBHoneyは、長い読み取り（つまり、10,000 bpを超える）の高いマッピング可能性を活用するように設計されたXNUMXつのバリアント識別アプローチの実装です。 PBHoneyは、構造変異を特定するために、読み取り内の不一致と長い読み取りのソフトクリップされたテールの両方を考慮します。
オプション
- ゲノムアセンブリ
- ゲノムのアップグレード
- 構造変異
- 組立評価
Audience
科学/研究
プログラミング言語
Python
カテゴリー
これは、https：//sourceforge.net/projects/pb-jelly/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
