これは、最新リリースを piv_clustering_1.3.tar.gz としてダウンロードできる、Linux オンラインで実行する piv_clustering という名前の Linux アプリです。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
piv_clustering という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linuxオンラインで実行するpiv_clustering
DESCRIPTION
このプログラムは、例えば分子動力学シミュレーションから得られた原子軌道の構造クラスター分析を実行することを可能にします。他のアプローチとは異なり、距離メトリックは、以下を含む同一の原子または分子の交換の下で対称である順列不変ベクトル（PIV）に基づいているため、溶液中のプロセス、たとえば液体水中の化学反応も分析できます。同じ基礎上で、溶質と溶媒の両方の自由度。 アプローチは一般的であり、PIVの定義は、研究中のプロセスに関連する原子間距離の範囲を指定することだけを必要とします。 あるいは、ナノ構造に特に適したSPRINTトポロジカル座標を使用することもできます。
出力は、軌道をいくつかの構造クラスター（つまり、フレームのセット）に分割することで、より簡単な分析と視覚化を可能にします。
Gallet＆Pietrucci、J.Chem。を読んで引用してください。 物理学139、074101（2013）
特徴
- 原子軌道の構造的クラスタリング
- 順列不変性：結晶、アモルファス固体、液体、ナノ構造
- すべてのシミュレーションセルがサポートされています（オルソロンビックからトリクリニンまで）
- 並列MPI実装
Audience
科学/研究
プログラミング言語
Fortran
これは、https：//sourceforge.net/projects/pivclustering/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
