これは、Linux でオンラインで実行する PPSeq: Parallel NGS Analysis という名前の Linux アプリで、最新リリースは ppseq-1.3-Linux-x86_64-pthread.gz としてダウンロードできます。ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
PPSeq: Parallel NGS Analysis という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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PPSeq: オンライン Linux で実行する並列 NGS 分析
DESCRIPTION
ハイスループットの次世代シーケンス (NGS) テクノロジーは、生物医学研究のさまざまな側面において強力なツールとして急速に台頭してきました。 しかし、その急速な発展に伴い、NGS のデータ量と分析の複雑さは、スタンドアロン ワークステーション上のマルチスレッド アルゴリズムなど、従来の小規模コンピューティング設備の容量と機能をはるかに超えています。 この問題に対処するために、ここでは、大規模並列処理 (MPP) システムによって増え続ける処理能力の供給を使用するソリューションを紹介します。特徴
- ppalgn - シーケンスリードを長い参照シーケンスに位置合わせする
- ppbwt - DNA 配列のセットから FM インデックスを構築する
Audience
教育、エンジニアリング、医療産業、情報技術、非営利団体、科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
C + +
これは https://sourceforge.net/projects/ppseq/ から取得することもできるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
