これは Protospacer Workbench という名前の Linux アプリで、最新リリースは Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
Protospacer Workbench with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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プロトスペーサー ワークベンチ
DESCRIPTION
Protospacer Workbench は、あらゆる生物または一連の FASTA 形式の配列の CRISPR 標的部位の設計、分析、共有に役立ちます。CRISPR/Cas ゲノム編集システム用のガイド RNA の設計は直感的には簡単ですが、計算的には困難です。 主な困難は、意図したターゲットとはまったく異なる可能性のある潜在的なオフターゲットを特定する必要があることから発生します。 ガイド RNA 設計用の現在のオンライン ツールは、Bowtie や BLAST などの配列マッピング ソフトウェアへのユーザー フレンドリーなインターフェイスを提供します。 ただし、これらのマッピング アルゴリズムは高速ではありますが、ターゲット外の可能性を判断するために重要な機能であるエラーに対する高い許容度を備えて設計されていませんでした。 オンライン ツールが失敗しても、オフライン ツールは成功します。 ただし、オフライン ツールにはコマンド ラインの知識が必要ですが、CRISPR を使用する人のうち、その知識を持っている人はほとんどいません。 Protospacer Workbench は、オンラインとオフラインのガイド RNA 設計の間のギャップを埋めることを目的としています。 このソフトウェアは現在 OS X で利用可能ですが、間もなく他のオペレーティング システムにも移植される予定です。
特徴
- 利用可能なすべての CRISPR ターゲットをすばやく見つける
- ガイド RNA デザインを徹底的に評価する
- ターゲットとガイド RNA リストを共有する
- あらゆる生物に合わせたデザイン
- 複数のデータベースを管理する
- 段階的なワークフロー
- 期待されるガイド RNA のパフォーマンスに関するレポートを入手する
- XNUMX つのインターフェイスから複数のサードパーティ ツールを利用する
- マルチターゲット設計
- 大規模なターゲット/ガイド RNA リストを管理する
これは、https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
