これは PTESFinder という名前の Linux アプリで、最新リリースは ptesfinder_v1.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
PTESFinder という名前のこのアプリを OnWorks で無料でオンラインでダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
PTESファインダー
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DESCRIPTION
PTESFinder は、ハイスループットの RNAseq データから転写後のエクソン シャッフリング イベントを特定するための計算パイプラインです。 PTESFinder は、確立された RNASeq ツールの機能を活用し、これらの偽陽性構造を特にターゲットにするように設計された厳格なフィルターを適用することにより、既知のすべてのクラスの偽陽性構造を体系的に除外します。 PTESFinder は、推定 PTES 構造にマッピングされたリードのアライメント品質と、ゲノム領域および標準的にスプライスされた転写産物にマッピングされた場合の同じリードの品質を比較します。 このアプローチにより、PTES サポート読み取りの信頼性が高まります。 テンプレート切り替えイベントから生じるリードは、トランスクリプトームに合わせて並べると、大きなインデルによって特徴付けられることがよくあります。 PTESFinder は追加のフィルターを使用して、PTES エクソン-エクソン結合部の周囲のアライメントがあいまいなリードを除外し、これらのサポートリードの信頼性をさらに高めます。 PTESFinder は、高い特異性を維持しながら、他の公開されている方法よりも多くの PTES 構造を同定します。
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
Unixシェル、Java
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
