これは、Linux オンラインで実行する QUAST という名前の Linux アプリで、その最新リリースは quast-5.0.2.tar.gz としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
QUAST という名前のこのアプリをダウンロードしてオンラインで実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linuxオンラインで実行するQUAST
DESCRIPTION
QUAST は、ゲノム アセンブリの品質評価と比較を迅速かつ便利に実行します。QUAST は、コンティグ精度、発見された遺伝子の数、N50 などを含む多くのよく知られた指標を計算するだけでなく、NA50 のような新しい指標も導入します (詳細は論文とマニュアルを参照)。 包括的な分析の結果、要約表 (プレーンテキスト、タブ区切り、LaTeX 形式) とカラフルなプロットが生成されます。 このツールは、すべての情報を XNUMX つの使いやすいファイルに凝縮した Web ベースのレポートも作成します。
QUAST には、直感的なコマンドライン インターフェイスと、ユーザーが実行して出力を理解するのに役立つ詳細なマニュアルが備わっています。 さらに、研究室は web-QUAST のベータ版を開始しました。 http://quast.bioinf.spbau.ru/ これにより、品質評価がさらに簡単になります。
QUAST および MetaQUAST (メタゲノム アセンブリの拡張) 論文が Bioinformatics 誌に掲載されました。
オプション
- Web ベースのレポート、プレーン テキスト、タブ区切り、LaTeX 形式のテーブル
- カラフルなプロットとヒストグラム
- 参照ゲノムを使用した場合と使用しない場合の品質評価
- メタゲノムアセンブリの品質評価
- インタラクティブコンティグブラウザ
Audience
科学/研究、開発者、エンドユーザー/デスクトップ
ユーザーインターフェース
Webベースのコマンドライン
プログラミング言語
Python、JavaScript
これは、https://sourceforge.net/projects/quast/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
