これは rRNAFinder という名前の Linux アプリで、最新リリースは rRNAFinder-v1.1.1.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
rRNAFinder という名前のこのアプリを OnWorks で無料でオンラインでダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
rRNAファインダー
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DESCRIPTION
rRNAFinder は、組み立てられたゲノム/メタゲノム コンティグを入力として使用して、リボソーム RNA 遺伝子を自動的に予測および分類するために使用できる小さな Perl ソフトウェア パッケージです。 ソフトウェアは Linux オペレーティング システムでのみテストされました。
パッケージに含まれる「rRNAFinder.pl」プログラムは、arc.hmm、bac.hmm、および euk.hmm データベースに対して検索する nhmmer プログラムを使用して、入力コンティグから rRNA 遺伝子を特定します。 推定された rRNA 遺伝子には、16S、18S、23S、28S、5S、および 5.8S rRNA 遺伝子が含まれます。
「rna2taxon.pl」プログラムは、上記で生成された fasta 形式の rRNA 遺伝子配列を入力として受け入れ、入力遺伝子の分類学的割り当てを生成します。 入力された rRNA 遺伝子配列は、blastn を使用して、ダウンロードされ再フォーマットされた SILVA SSU および LSU データベースに対して検索されます。
次の場所にある rRNAFinder GitHub リポジトリの README.md ファイルを参照してください。 https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder rRNAFinder の設定と実行の手順については、
特徴
- rRNA 遺伝子の予測 (5s、5.8s、16s、18s、23s、28s rRNA 遺伝子)
- SILVA SSU および LSU データベースに対する blastn 検索を使用した、予測された rRNA 遺伝子の分類学的割り当て
- 高速で複数の CPU スレッドを使用できる
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
