これは SOAP3-DP という名前の Linux アプリで、最新リリースはsoap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gzとしてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
SOAP3-DP という名前のこのアプリを OnWorks で無料でオンラインでダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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SOAP3-DP
DESCRIPTION
GitHub 上の最新コード:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp は、最適化されたアルゴリズムで CPU と GPU の両方の計算能力を活用することで、高速性と感度を同時に実現します。 BWA、Bowtie2、SeqAlto、CUSHAW2、GEM、GPU ベースのアライナーである BarraCUDA および CUSHAW などの広く採用されているアライナーと比較して、SOAP3-dp は最高の感度と最低の誤検出率 (FDR) を維持しながら、3 ～ XNUMX 倍高速であることが判明しました。 ) Illumina ではさまざまな長さで読み取ります。 SOAPXNUMX-dp は、BAM ファイル形式をネイティブにサポートし、BWA と同じスコアリング スキームを提供するため、既存の分析パイプラインに統合できます。
引用: Luo R、Wong T、Zhu J、Liu CM、Zhu X、他。 (2013) SOAP3-dp: 高速、正確、高感度の GPU ベースのショート リード アライナー。 PLoS ONE 8(5): e65632。 土井:10.1371/journal.pone.0065632
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル
プログラミング言語
C ++、C
カテゴリー
これは https://sourceforge.net/projects/soap3dp/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
