これは、オンライン Linux で実行する SPANDx という名前の Linux アプリで、最新リリースは SPANDx_v3.2.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
SPANDx という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linux でオンラインで実行する SPANDx
DESCRIPTION
SPANDxは、NGSデータを使用して一倍体ゲノムのSNPおよびインデル変異体を特定するためのワンストップツールです。SPANDxは、選択したリファレンスゲノムまたはパンゲノムに対して生のNGS読み取りのアラインメントを実行し、その後、正確なバリアントの呼び出しと注釈、および遺伝子座の有無の決定を行います。 SPANDxは、下流の系統発生分析用のSNPおよびインデルマトリックスを生成します。 注釈付きのゲノムワイドSNPおよびインデルも、指定されている場合は識別でき、人間が読める形式で出力されます。 存在/不在マトリックスも生成され、すべてのゲノムにわたるコア/アクセサリゲノムコンテンツを識別できるようになります。
SPANDxによって生成された出力は、微生物ゲノムワイド関連解析（mGWAS）分析のためにPLINKにインポートできます。
SPANDxは、リソース管理にPBS、SGE、またはSLURMを利用できます。 リソースマネージャーが利用できない場合、SPANDxはコマンドラインで直接実行することもできます。
SPANDxの最新バージョンについては、GitHubで確認してください。 https://github.com/dsarov/SPANDx
オプション
- 30Nov16：SPANDx 3.2はBWA-memを使用して、より高速で正確な位置合わせを行うようになりました
- 31May16：SPANDx3.1.1がv2.3.1より前のTORQUE / PBSシステムで動作するようになりました。
- 14Feb16：SPANDx 3.1 -zフラグを設定して、.nex出力にXNUMX対立遺伝子およびXNUMX対立遺伝子のSNPを含めることができるようになりました。
- 26Dec15：SPANDx 3.0には、samtoolsの互換性の向上、GWASのPLINK統合の改善など、多くのアップグレードがあり、単一の遺伝子座で最大9つのインデルとXNUMXつのSNPすべてを呼び出すことができます。
- 05Aug15：SPANDx v2.7は、SGE、PBS、SLURM、およびリソースマネージャーのないシステムで動作するようになりました。
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
Unixシェル
これは、https：//sourceforge.net/projects/spandx/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
