これは TaxOnTree という名前の Linux アプリで、最新リリースは TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
TaxOnTree with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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タックスオンツリー
DESCRIPTION
TaxOnTree は、分類学的情報を系統樹に関連付けるための系統発生プログラムです。
出力は、FigTree で開くように構成された NEX 形式のツリー ファイルであり、ユーザーは分類群ごと、またはクエリを持つ配列によって共有される祖先ごとにすぐに色付けできます。 入力は、BLAST 検索で使用する Fasta 形式のファイル、またはクラスターがすでに使用可能な場合は、識別子 (UniProtAC または NCBI gi) で表される配列のリストにすることができます。 また、ユーザー ソフトウェアと特定の設定で作成された newick ファイルを使用して、分類学的ラベル付けを続行することもできます。 TaxOnTree は、ユーザーを分類学の専門家に変えます。 TaxOnTree は、NCBI 分類法に一部の分類群が存在しないことも修正します。 コマンド ライン プログラムはセットアップが簡単で、いくつかのバイオインフォマティクス ツールと結合して、PDF 形式で色付きのツリーを生成できます。 TaxOnTree は、次の Web ツールとして利用できます。 http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree 要求の低い仕事向け。
特徴
- fasta 形式でクエリ (またはその ID) を入力し、系統樹を生成します。
- 完全なタンパク質のみを含む RefSeq データベースと UniProt 参照プロテオンは TaxOnTree で配布されます
- MUSCLE、PRANK、Clustal Omega、または Kalign を使用して複数のアライメントを実行できます
- あるいは、KO、eggNOG、OrthoMCL-DB、PANTHER などのホモログのクラスターを入力として使用できます。
- TaxOnTree は TrimAl でアライメントを処理し、FastTree でツリーを構築できます
- ただし、newick 形式でユーザーが作成したツリーは、TaxOnTree の入力として使用できます。
- TaxOnTree は、FigTree で開く NEXUS ファイルを生成します
- アプリケーションはコマンドライン FigTree を実行し、分析されたツリーを PDF でエクスポートできます。
- 単独使用の場合は、Web ツールが利用可能であり、そのコードはローカル インストールにも利用できます。
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
パール
データベース環境
Perl DBI / DBD、MySQL
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/taxontree/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
