これは、オンライン Linux 上で Windows オンラインで実行する BBMap という名前の Windows アプリで、最新リリースは BBMap_38.86.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
BBMap という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行すると、OnWorks を使用してオンライン Linux 上で Windows オンラインで無料で実行できます。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOSOnWorksオンラインエミュレーターを起動しますが、Windowsオンラインエミュレーターの方が優れています。
-5。起動したばかりのOnWorksWindows OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードしてインストールします。
-7.LinuxディストリビューションソフトウェアリポジトリからWineをダウンロードします。 インストールしたら、アプリをダブルクリックして、Wineで実行できます。 また、人気のあるWindowsプログラムやゲームのインストールに役立つWine上の豪華なインターフェイスであるPlayOnLinuxを試すこともできます。
WineはLinux上でWindowsソフトウェアを実行する方法ですが、Windowsは必要ありません。 Wineは、任意のLinuxデスクトップでWindowsプログラムを直接実行できるオープンソースのWindows互換性レイヤーです。 基本的に、Wineは、実際にWindowsを必要とせずに、これらすべてのWindowsアプリケーションを実行できるように、十分な数のWindowsを最初から再実装しようとしています。
スクリーンショットは
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BBMap は Linux オンライン上で Windows オンラインで実行可能
DESCRIPTION
このパッケージには、BBMap、ショートリードアライナ、およびその他のさまざまなバイオインフォマティックツールが含まれています。 純粋なJavaで記述されており、任意のプラットフォームで実行でき、Javaがインストールされている（Java 6以降用にコンパイルされている）以外の依存関係はありません。 すべてのツールは効率的でマルチスレッドです。BBMap：DNAおよびRNA-seqデータ用のショートリードアライナー。 数百万の足場を持つ任意の大きなゲノムを処理できます。 Illumina、PacBio、454、およびその他の読み取りを処理します。 非常に高い感度とエラーおよび多数の大きなインデルに対する耐性。 とても早い。
BBNorm：Kmerベースのエラー訂正および正規化ツール。
重複排除：ターゲットのパーセントIDを共有する重複または含まれているサブシーケンスを削除することにより、アセンブリを簡素化します。
再フォーマット：33 MB / sを超える速度で、fasta / fastq / scarf / fasta + qual / sam、インターリーブ/ペア、およびASCII-64/500の間で読み取りを再フォーマットします。
BBDuk：アーティファクト/汚染ファイルへのkmer一致を使用して、読み取りをフィルター、トリム、またはマスクします。
...そして、もっと！
オプション
- 純粋なJavaは、任意のプラットフォームで実行されます。 すでにコンパイル済みです。解凍して実行してください。
- 高速、効率的、マルチスレッド。
- パラメータなしでシェルスクリプトを実行したときに表示される使用法情報。
- ショートリードアライナの中で最高の感度。
- インストールが簡単-解凍/解凍するだけです。
- 使いやすい。 例：bbmap.sh ref = ecoli.fa in = reads.fq out = mapped.sam
- fasta、fastq、sam、scarf、fasta + qual、ASCII-33、ASCII-64、gzipなどのすべての一般的な形式を処理します。
- 合同ゲノム研究所が使用。
- BBはBestusBioinformaticusの略です。
- ここに便利なFAQがあります： http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル
プログラミング言語
Java
これは、https：//sourceforge.net/projects/bbmap/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
