これは「Exact Subgraph Matching Algorithm」というWindowsアプリで、最新リリースはesm-1.0.tar.gzとしてダウンロードできます。ワークステーション向けの無料ホスティングプロバイダーであるOnWorksでオンラインで実行できます。
Exact Subgraph Matching Algorithm with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOSOnWorksオンラインエミュレーターを起動しますが、Windowsオンラインエミュレーターの方が優れています。
-5。起動したばかりのOnWorksWindows OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードしてインストールします。
-7.LinuxディストリビューションソフトウェアリポジトリからWineをダウンロードします。 インストールしたら、アプリをダブルクリックして、Wineで実行できます。 また、人気のあるWindowsプログラムやゲームのインストールに役立つWine上の豪華なインターフェイスであるPlayOnLinuxを試すこともできます。
WineはLinux上でWindowsソフトウェアを実行する方法ですが、Windowsは必要ありません。 Wineは、任意のLinuxデスクトップでWindowsプログラムを直接実行できるオープンソースのWindows互換性レイヤーです。 基本的に、Wineは、実際にWindowsを必要とせずに、これらすべてのWindowsアプリケーションを実行できるように、十分な数のWindowsを最初から再実装しようとしています。
正確な部分グラフ一致アルゴリズム
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DESCRIPTION
部分グラフマッチング問題 (部分グラフ同型性) は NP 完全です。 私たちは、バックトラッキング アプローチを使用して、依存関係グラフ用の単純な完全サブグラフ マッチング (ESM) アルゴリズムを設計しました。 最悪の場合のアルゴリズムの複雑さの合計は O(n^2 * k^n) です。ここで、n は頂点の数、k は頂点の次数です。
我々は、イベント抽出、タンパク質-残基結合検出、およびタンパク質-タンパク質相互作用の同定に関する BioNLP 2011 共有タスクという XNUMX つの生体医学関係およびイベント抽出アプリケーションでアルゴリズムを使用して成功したことを実証しました。
この Java 実装は ESM アルゴリズムを実装します。 README ファイルを参照してください。 https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/files/
学術研究をサポートするために ESM 実装を使用する場合は、次の論文を引用してください。
ハイビン・リウ、ヴラド・ケセルジ、クリスチャン・ブルーイン。 文献から生物学的イベントを抽出するためのサブグラフ マッチング アプローチの探索。 計算知能、2013 年。
Audience
科学/研究
プログラミング言語
Java
これは https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。