これは、Linux経由でWindows上でオンラインで実行できるGenomeRunnerというWindowsアプリケーションです。最新リリースはGenomeRunner-v4.0-Setup.zipとしてダウンロードできます。ワークステーション向けの無料ホスティングプロバイダーであるOnWorksでオンラインで実行できます。
GenomeRunner というこのアプリをオンラインでダウンロードして実行すると、OnWorks を使用して Linux 経由で Windows で無料でオンラインで実行できます。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOSOnWorksオンラインエミュレーターを起動しますが、Windowsオンラインエミュレーターの方が優れています。
-5。起動したばかりのOnWorksWindows OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードしてインストールします。
-7.LinuxディストリビューションソフトウェアリポジトリからWineをダウンロードします。 インストールしたら、アプリをダブルクリックして、Wineで実行できます。 また、人気のあるWindowsプログラムやゲームのインストールに役立つWine上の豪華なインターフェイスであるPlayOnLinuxを試すこともできます。
WineはLinux上でWindowsソフトウェアを実行する方法ですが、Windowsは必要ありません。 Wineは、任意のLinuxデスクトップでWindowsプログラムを直接実行できるオープンソースのWindows互換性レイヤーです。 基本的に、Wineは、実際にWindowsを必要とせずに、これらすべてのWindowsアプリケーションを実行できるように、十分な数のWindowsを最初から再実装しようとしています。
スクリーンショットは
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GenomeRunnerはLinuxオンラインではなくWindowsオンラインで実行できます
DESCRIPTION
注: このバージョンには追加の SQLite データベース ファイルが必要です。 これらを入手するには、開発者に問い合わせてください。http://www.integrativegenomics.org/ 最新のデータと分析をご覧ください。
GenomeRunner は、ゲノム探索を自動化するためのツールです。 UCSC ゲノムブラウザから利用可能な >6,000 (ヒトゲノム) エピゲノム特徴に対して、ユーザーが提供したゲノム領域 (SNP、ChIP-seq 結合部位など) のアノテーションおよびエンリッチメント分析を実行します。
入力 - .bed 形式のゲノム全体のデータ (chrom、chromStart、chromEnd を含むタブ区切りのテキスト ファイル)。
アノテーション分析出力 - 入力データ内の各ゲノム領域の詳細なアノテーション。 共局在するエピゲノム特徴の総数によって個々のゲノム領域に優先順位を付けるために使用されます。
エンリッチメント分析出力 - 分析用に選択されたゲノム アノテーション特徴を備えた入力ゲノム全体データの統計的に有意な共局在の p 値。 ユーザーデータに関連するエピゲノム特徴を優先するために使用されます。
オプション
- ゲノム領域の解析（ChIP-seq、RNA-seq、DNAメチル化、SNP/CNVなど）
- エンコードデータ
- アノテーションとエンリッチメントの分析
- BED ファイル形式 (chrom、chromStart、chromEnd)
- ビデオの概要 (http://youtu.be/v9p9FClrqXU)
Audience
科学/研究、エンドユーザー/デスクトップ
ユーザーインターフェース
プロジェクトはユーザーインターフェイス（UI）システムです
プログラミング言語
Visual Basic .NET
データベース環境
SQLベース
これは、https://sourceforge.net/projects/genomerunner/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
