아라곤 - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

아라곤 - 뉴클레오티드 서열에서 tRNA 유전자를 검출합니다

개요

아라곤 [OPTION] ... FILE

옵션

-m
tmRNA 유전자를 검색합니다.

-t
tRNA 유전자를 검색합니다. 기본적으로 모두 감지됩니다. 다음 중 하나인 경우 -m or -t 지정되고,
다른 하나도 지정하지 않는 한 감지되지 않습니다.

-산
후생동물 미토콘드리아 tRNA 유전자를 검색합니다. 인트론이 있는 tRNA 유전자가 검출되지 않았습니다.
-i, -sr 스위치는 무시됩니다. 복합 후생동물 미토콘드리아 유전자 코드 사용.

-mtmam
포유류 미토콘드리아 tRNA 유전자를 검색합니다. -i, -sr 스위치는 무시됩니다. -TV 스위치
세트. 포유류의 미토콘드리아 유전 코드가 사용되었습니다.

-mtx
과 동일 -산 그러나 낮은 점수의 tRNA 유전자는 보고되지 않았습니다.

-mtd
반대 가닥에 겹치는 후생동물 미토콘드리아 tRNA 유전자가 보고되었습니다.

-gc[NUM]
GenBank 사용 transl_table = [NUM] 유전자 코드. 개별 수정은 다음과 같습니다.
사용하여 추가 ,BBB= B = A,C,G 또는 T. 은(는) 세 글자 코드입니다.
아미노산. 둘 이상의 수정을 지정할 수 있습니다. 예를 들어 -gcvert,aga=Trp,agg=Trp
척추 동물 미토콘드리아 코드와 코돈 AGA 및 AGG를 다음으로 변경
트립토판.

-gcstd
표준 유전자 코드를 사용합니다.

-gcmet
복합 후생동물 미토콘드리아 유전 코드를 사용합니다.

-gcvert
척추동물 미토콘드리아 유전자 코드를 사용합니다.

-gcinvert
무척추동물 미토콘드리아 유전자 코드를 사용합니다.

-gcyeast
효모 미토콘드리아 유전자 코드를 사용합니다.

-gcprot
Mold/Protozoan/Coelenterate 미토콘드리아 유전자 코드를 사용합니다.

-gcciliate
섬모 유전자 코드를 사용합니다.

-gc플랫웜
극피동물/편형동물 미토콘드리아 유전 코드 사용

-gceuplot
Euplotid 유전자 코드를 사용합니다.

-gcbact
박테리아/식물 엽록체 유전 코드를 사용합니다.

-gcaltyeast
대체 효모 유전자 코드를 사용하십시오.

-gcascid
Ascidian 미토콘드리아 유전 코드를 사용합니다.

-gcalt플랫
대체 Flatworm Mitochondrial 유전자 코드를 사용하십시오.

-gcblep
Blepharisma 유전자 코드를 사용하십시오.

-gc클로로프
Chlorophycean Mitochondrial 유전자 코드를 사용하십시오.

-gctrem
Trematode Mitochondrial 유전 코드를 사용하십시오.

-gcscen
Scenedesmus obliquus Mitochondrial 유전자 코드를 사용합니다.

-gcthraust
Thraustochytrium Mitochondrial 유전자 코드를 사용합니다.

-TV
미토콘드리아 TV 교체 루프 tRNA 유전자를 검색하지 마십시오. 다음과 같은 경우에만 해당 -산
익숙한.

-C7
7개의 기본 C-루프만으로 tRNA 유전자를 검색합니다.

-i
최대 길이가 3000 염기인 안티코돈 루프에서 인트론이 있는 tRNA 유전자를 검색합니다.
최소 인트론 길이는 0 염기입니다. 다음 경우에는 무시됩니다. -m 이 지정됩니다.

-i[최대]
최대 길이의 안티코돈 루프에 인트론이 있는 tRNA 유전자 검색 [최대] 기지.
최소 인트론 길이는 0 염기입니다. 다음 경우에는 무시됩니다. -m 이 지정됩니다.

-i[분], [최대]
최대 길이의 안티코돈 루프에 인트론이 있는 tRNA 유전자 검색 [최대] 염기,
및 최소 길이 [분] 기지. 무시되는 경우 -m 이 지정됩니다.

-이오
과 동일 -i그러나 긴 인트론을 가진 tRNA 유전자가 더 짧은 tRNA 유전자와 겹칠 수 있습니다.

-만약
과 동일 -i, 그러나 C-루프의 위치 37과 38 사이에 인트론을 고정합니다(다음에 한 염기
안티코돈).

-ifo
과 동일 -만약 그리고 -이오 결합.

-ir
과 동일 -i, 그러나 최소 길이의 tRNA 유전자를 보고합니다.분] 검색보다는 기지
최소 길이의 tRNA 유전자의 경우 [분] 기지. 이 스위치를 사용하면 [분] 역할을
출력 필터, 검색을 위한 최소 인트론 길이는 여전히 0 염기입니다.

-c
각 시퀀스에는 원형 토폴로지가 있다고 가정합니다. 검색은 각 끝을 둘러쌉니다.
기본 설정.

-l
각 시퀀스에는 선형 토폴로지가 있다고 가정합니다. 검색이 래핑되지 않습니다.

-d
더블. 각 시퀀스의 두 가닥을 모두 검색합니다. 기본 설정.

-s or -s+
하나의. 각 시퀀스의 상보(안티센스) 가닥을 검색하지 마십시오.

-Sc or -에스-
단일 보완. 각 서열의 센스 가닥을 검색하지 마십시오.

-추신
점수 임계값을 기본 수준의 95%로 낮춥니다.

-추신[NUM]
점수 임계값을 [로 변경NUM] 기본 수준의 퍼센트.

-rp
가능한 유사유전자에 플래그를 지정합니다(점수 < 100 또는 tRNA 안티코돈 루프 <> 7 염기 길이). 메모
점수가 100 미만인 유전자는 점수 임계값이 다음과 같은 경우 감지되거나 표시되지 않습니다.
100% 미만으로 변경되지도 않습니다(-ps 스위치 참조).

-seq
기본 시퀀스를 인쇄합니다.

-br
둥근 괄호를 사용하여 tRNA 유전자 XNUMX차 서열의 XNUMX차 구조를 표시합니다.

-파스타
fasta 형식으로 기본 시퀀스를 인쇄합니다.

-NS
fasta 형식으로만 기본 시퀀스를 인쇄합니다(XNUMX차 구조 없음).

-폰
과 동일 -NS, 헤더에 시퀀스 및 유전자 번호 매기기 포함.

-fos
과 동일 -NS, 헤더에 공백이 없습니다.

-폰
과 동일 -NS, 시퀀스 및 유전자 번호 매기기가 있지만 공백은 없습니다.

-w
배치 모드로 인쇄합니다.

-봄 여름 시즌
더 엄격한 표준 1-2bp spacer1 및 1bp spacer2를 사용합니다. 무시되는 경우 -산 설정할 수 있습니다.
기본값은 3bp spacer1 및 0-2bp spacer2를 허용하는 것이며, 이는 선택성을 저하시킬 수 있습니다.

-v
말 수가 많은. 검색 중 정보를 STDERR로 출력합니다.

-a
tmRNA 유전자에 대한 tRNA 도메인을 출력합니다.

.A7
tRNA astem 길이를 최대 7개의 염기로 제한

-aa
예측된 iso-acceptor 종이 순서대로 종과 일치하지 않는 경우 메시지 표시
이름(있는 경우).

-j
예측된 아미노-아실 수용체와 관계없이 줄기의 4' 말단에 3-염기 서열 표시
길이.

-jr
NCCA에서 3' 아미노-아실 수용체 서열의 일부 차이를 허용합니다.

-jr4
NCCA에서 3' 아미노-아실 수용체 서열의 일부 발산을 허용하고 4를 표시합니다.
기지.

-q
구성 줄을 인쇄하지 마십시오(사용된 스위치 및 파일).

-rn
요약 정보 전에 시퀀스 이름을 반복합니다.

-O [아웃파일]
인쇄 출력 대상 . If ['아웃파일]이(가) 이미 존재하므로 덮어씁니다. 기본적으로 모두
출력은 stdout으로 이동합니다.

기술

aragorn은 tRNA, mtRNA 및 tmRNA 유전자를 검출합니다. 최소 요구 사항은 32비트 이상입니다.
컴파일러 아키텍처(변수 유형 int 및 unsigned int의 길이는 최소 4바이트임)

[FILE]는 FASTA 형식의 하나 이상의 시퀀스를 포함하는 것으로 가정됩니다. 검색 결과
STDOUT에 인쇄됩니다. 모든 스위치는 선택 사항이며 대소문자를 구분하지 않습니다. -i가 아닌 한
지정하면 인트론을 포함하는 tRNA 유전자가 감지되지 않습니다.

작가

비외른 캔백[이메일 보호]>, 딘 라슬렛[이메일 보호]>

참조

Laslett, D. 및 Canback, B. (2004) 전사 RNA 검출을 위한 프로그램인 ARAGORN
및 뉴클레오타이드 서열의 전달-메신저 RNA 유전자 Nucleic Acids Research, 32;11-16

Laslett, D. 및 Canback, B. (2008) ARWEN: 후생동물에서 tRNA 유전자를 검출하는 프로그램
미토콘드리아 뉴클레오티드 서열 생물 정보학, 24(삼); 2-172.

02/24/2013 아라곤(1)

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 aragorn 사용