Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 bamtools 명령입니다.
프로그램:
이름
bamtools - BAM(게놈 정렬) 파일을 조작하기 위한 툴킷
개요
밤툴 [--help] 명령 [ARGS]
기술
BamTools는 BAM 파일을 사용하여 연구 분석 및 데이터 관리를 용이하게 합니다. 대응한다
일반적으로 현재의 시퀀싱 기술로 생성되는 엄청난 양의 데이터
텍스트 기반 파서에서 쉽게 처리할 수 없는 압축된 바이너리 형식으로 저장됩니다.
생물정보학 연구에 일반적으로 사용됩니다.
옵션
변하게 하다
BAM과 기타 여러 형식 간 변환
count BAM 파일의 정렬 수를 인쇄합니다.
적용 범위
입력 BAM 파일에서 적용 범위 통계를 인쇄합니다.
필터 사용자가 지정한 기준으로 BAM 파일을 필터링합니다.
header BAM 헤더 정보를 인쇄합니다.
index BAM 파일에 대한 인덱스를 생성합니다.
merge 여러 BAM 파일을 단일 파일로 병합
무작위 기존 BAM 파일에서 무작위 정렬을 선택합니다. 이는 테스트 목적으로 더 많이 사용됩니다.
도구입니다.
해결
페어드 엔드 읽기를 해결합니다(필요에 따라 IsProperPair 플래그 표시).
되돌리기 중복된 표시를 제거하고 원래 기본 품질을 복원합니다.
sort 일부 기준에 따라 BAM 파일을 정렬합니다.
분할 사용자 지정 속성에 따라 BAM 파일을 분할하여 다음에 대한 새 BAM 출력 파일을 생성합니다.
발견된 각 값
stats 입력 BAM 파일에서 일부 기본 통계를 인쇄합니다.
특정 명령에 대한 자세한 내용은 'bamtools help COMMAND'를 참조하세요.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 bamtools 사용
