bowtie2-align-s - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

bowtie2-align-s - 시퀀싱 정렬을 위한 초고속 메모리 효율적인 백엔드 도구
긴 참조 시퀀스를 읽습니다.

기술

Ben Langmead의 Bowtie 2 버전 2.2.6([이메일 보호], www.cs.jhu.edu/~langmea)

사용법

bowtie2-align [옵션]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


인덱스 파일 이름 접두사(후행 .X.bt2 빼기). 참고: Bowtie 1 및 Bowtie 2 인덱스
호환되지 않습니다.

#1 메이트가 있는 파일, 다음 파일과 쌍을 이룸 .

#2 메이트가 있는 파일, 다음 파일과 쌍을 이룸 .

페어링되지 않은 읽기가 있는 파일.

SAM 출력용 파일(기본값: stdout)

, , 쉼표로 구분된 목록(공백 없음)일 수 있으며 지정할 수 있습니다.
여러 번. 예를 들어 '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

옵션 (기본값 in 괄호)

입력:
-q 쿼리 입력 파일은 FASTQ .fq/.fastq(기본값)입니다.

--qseq 쿼리 입력 파일은 Illumina의 qseq 형식입니다.

-f 쿼리 입력 파일은 (다중)FASTA .fa/.mfa입니다.

-r 쿼리 입력 파일은 한 줄에 하나의 원시 시퀀스입니다.

-c , , 파일이 아니라 시퀀스 자체입니다.

-s/--건너뛰다
첫 번째 건너 뛰기 입력에서 읽기/쌍(없음)

-u/--까지
처음으로 중지 읽기/쌍(무제한)

-5/--트림5
손질 읽기의 5'/왼쪽 끝에서 염기(0)

-3/--트림3
손질 읽기의 3'/오른쪽 끝에서 염기(0)

--phred33
품질은 Phred+33(기본값)입니다.

--phred64
자질은 Phred+64

--int-quals
공백으로 구분된 정수로 인코딩된 품질

사전 설정 :
동일:

럭셔리 --끝으로 종료:

--매우 빠름 -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--빠른 -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--예민한 -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15(기본값)

--매우 민감한 -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

럭셔리 --현지의:

--매우 빠른 로컬 -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--빠른 지역 -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--민감한 지역 -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75(기본값)

--매우 민감한 지역 -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

조정:
-N
시드 정렬에서 최대 # 불일치; 0 또는 1(0)일 수 있음

-L
시드 하위 문자열의 길이; >3, <32여야 합니다. (22)

-i
시드 하위 문자열 w/r/t read len 사이의 간격(S,1,1.15)

--n-천장
aln(L,0,0.15)에서 허용되는 최대 # 비 A/C/G/T에 대한 기능

--dpad
포함하다 DP 테이블 측면의 추가 참조 문자(15)

--gbar
사이의 간격을 허용하지 않음 읽기 극단의 핵심 (4)

--무시-자격
모든 품질 값을 Phred 척도에서 30으로 취급(해제)

--nofw 읽기(끄기)의 정방향(원래) 버전 정렬 안 함

--노르크 읽기의 역보완 버전을 정렬하지 않음(끄기)

--no-1mm-upfront
최적의 시드 스캔을 시도하기 전에 1개의 불일치 정렬을 허용하지 마십시오.
정렬

--끝으로 종료
전체 읽기가 정렬되어야 합니다. 클리핑 없음(켜기)

OR

--현지의
지역정렬; 끝이 부드럽게 잘릴 수 있음(꺼짐)

득점 :
--엄마
매치 보너스(0 --끝으로 종료, 2 for --현지의)

--mp
불일치에 대한 최대 페널티; 낮은 품질 = 낮은 페널티 (6)

--np
읽기/참조에서 비 A/C/G/T에 대한 페널티(1)

--rdg ,
읽기 간격 열기, 페널티 연장(5,3)

--rfg ,
참조 간격 열림, 페널티 연장(5,3)

--점수-분 최소 허용 정렬 점수 w/r/t 읽기 길이
(로컬의 경우 G,20,8, 엔드투엔드의 경우 L,-0.6,-0.6)

보고 :
(기본값)
MAPQ를 사용하여 여러 정렬을 찾고 가장 잘 보고합니다.

OR

-k
까지 보고 읽기 당 alns; MAPQ가 의미가 없음

OR

-a/--모두
모든 정렬을 보고합니다. 매우 느림, MAPQ는 의미 없음

노력:
-D
이후 연장 포기 실패한 연속 확장 (15)

-R
반복적 인 시드 읽기의 경우 시도하십시오. 씨앗 세트 (2)

페어드 엔드:

-I/--미닌
최소 조각 길이(0)

-X/--맥신
최대 조각 길이(500)

--정말로/--rf/--ff -1, -2 메이트 정렬 fw/rev, rev/fw, fw/fw(--정말로)

--혼합 없음
페어링된 읽기에 대한 페어링되지 않은 정렬 억제

--불협화음 없음
쌍 읽기에 대한 일치하지 않는 정렬 억제

--도브테일 없음
메이트가 서로 지나갈 때 일치하지 않음

--포함하지 않음
하나의 메이트 정렬이 다른 메이트 정렬을 포함할 때 일치하지 않음

--겹침 없음
메이트가 전혀 겹칠 때 일치하지 않음

출력:
-t/--시간
검색 단계에 소요된 벽시계 시간 인쇄

--조용한
심각한 오류를 제외하고는 stderr에 아무 것도 인쇄하지 않습니다.

--만난 파일
다음 위치의 파일로 메트릭 보내기 (끄다)

--met-stderr
메트릭을 stderr로 보내기(끄기)

--만난
내부 카운터 및 측정항목 보고 주기 초 (1)

--no-unal
정렬되지 않은 읽기에 대한 SAM 레코드 억제

--머리가 없다
헤더 행, 즉 @로 시작하는 행을 억제합니다.

--no-sq
@SQ 헤더 라인 억제

--rg-id
@RG 라인 및 RG:Z에 반영된 읽기 그룹 ID 설정: 선택 필드

--rg
추가하다 ("lab:value")를 SAM 헤더의 @RG 줄에 추가합니다. 참고: @RG 행만 인쇄됨
언제 --rg-id 설정됩니다.

--생략-초-순서
보조 정렬을 위해 SEQ 및 QUAL 필드에 '*'를 입력하십시오.

성능 :
-p/--스레드 실행할 정렬 스레드 수(1)

--재 주문
SAM 출력 순서가 입력 읽기 순서와 일치하도록 강제합니다.

--mm 인덱스에 메모리 매핑된 I/O를 사용합니다. 많은 '나비 넥타이'가 공유할 수 있습니다.

다른:
--qc-필터
QSEQ 필터에 따라 잘못된 읽기를 필터링합니다.

--씨앗
난수 생성기용 시드(0)

--비결정적 종자 랜드. 세대 읽기 속성을 사용하는 대신 임의로

--번역
버전 정보를 인쇄하고 종료

-h/--돕다
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