이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 bp_mask_by_searchp 명령입니다.
프로그램:
이름
bp_mask_by_search - 정렬 결과를 기반으로 한 마스크 시퀀스
개요
bp_mask_by_search.pl -f 폭발 게놈파일 blastfile.bls > Maskedgenome.fa
기술
다른 시퀀스의 중요한 정렬을 기반으로 하는 마스크 시퀀스입니다. 당신은 제공해야
마스킹하려는 보고서 파일과 전체 시퀀스 데이터. 기본적으로 이는
TBLASTN(또는 TFASTY)을 수행했다고 가정하고 히트 시퀀스를 마스크하려고 시도합니다.
히트 데이터베이스에 대한 시퀀스 파일을 제공했습니다. 당신이하고 싶은 경우
쿼리 순서를 반전하고 마스크하려면 -t/--type 쿼리 플래그를 지정하세요.
이는 전체 시퀀스 파일을 메모리로 읽어 들일 예정이므로 큰 게놈의 경우 이 작업이 수행될 수 있습니다.
갑자기 중단되다. 모든 것을 메모리에 보관하는 것을 방지하기 위해 DB_File을 사용하고 있습니다. 한 가지 해결책은 다음과 같습니다.
게놈을 조각으로 분할합니다(DB 검색을 실행하기 전에
이 프로그램에 대한 입력으로 BLAST한 정확한 파일).
이중 대시(--) 옵션 아래에는 --format=fasta 또는 --format fasta 형식이 있습니다.
그냥 -f fasta라고 말하면 돼요
-f/--format은 둘 중 하나가 허용되는 옵션임을 의미합니다. =s, =n 또는 =c는 다음을 지정합니다.
인수에는 '문자열'이 필요합니다.
옵션 :
-f/--format=s 검색 보고서 형식(fasta,blast,axt,hmmer 등)
-sf/--sformat=s 시퀀스 형식(fasta,genbank,embl,swissprot)
--hardmask(부울) 시퀀스를 하드 마스크합니다.
Maskchar 사용 [기본값은 소문자 마스크]
--maskchar=c [기본값은 N]으로 마스크할 문자, 변경
단백질 서열의 경우 'X'로
-e/--evalue=n HSP 및 히트에 대한 Evalue 컷오프만 해당
정렬이 evalue를 지정한 경우 마스크 시퀀스
또는 더 나은
-o/--아웃/
--outfile=file 마스크된 시퀀스를 저장할 출력 파일입니다.
-t/--type=s 마스크하려는 정렬 순서 유형,
'히트' 또는 '쿼리' 시퀀스. [기본값은 '적중'입니다.]
--minlen=n 사용할 HSP의 최소 길이
마스킹 중 [기본값 0]
-h/--help 이 도움말 정보를 참조하세요.
저자 - Jason의 이야기 스타이치
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 bp_mask_by_searchp를 사용하세요.
