이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 bp_search2alnblocksp 명령입니다.
프로그램:
이름
bp_search2alnblocks - SearchIO 구문 분석 가능한 보고서를 정렬된 블록 세트로 전환합니다.
개요
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUE 파일1.
폭발 file2.blast ...> out.fas
기술
이 스크립트는 BLAST(또는 Bio::SearchIO가 구문 분석할 수 있는 다른 형식) 출력을 구문 분석하고 필터링합니다.
HSP를 기반으로 정렬 블록으로 정렬 형식을 지정합니다. 참고로 이것은
구문 분석된 입력 파일에 필요한 파일이 포함되어 있으면 작동합니다.
일반적으로 이는 BLAST 출력을 입력용 FASTA 정렬 형식으로 전환하는 데 사용할 수 있습니다.
RNA 유전자에 대한 QRRNA 비교 유전자 찾기(E.Rivas)에 들어갑니다.
옵션
--maxevalue HSP의 최대 E-값
--minevalue HSP의 최소 E-값
--minlen HSP의 최소 길이 [기본값 0]
--maxid 최대 백분율 ID [기본값 100]
(매우 가까운 시퀀스를 제거하는 데 도움이 됨)
--minid HSP에 대한 최소 백분율 ID [기본값 0]
-i/--input 선택적 입력 파일 이름(기본적으로 STDIN에 대한 입력 예상)
-o/--output 선택적 출력 파일 이름(기본적으로 STDOUT으로 내보내기)
-f/--format 다른 검색 정렬 형식을 지정합니다-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml}은 모두 허용됩니다.
형식에 실제 정렬이 있어야 하지만
이 스크립트가 작동하는 순서
L 참조 자세한 내용은.
-of/--outformat 정렬 블록의 출력 형식 등
엘 지원합니다.
-v/--verbose 디버깅 켜기
저자 - Jason의 이야기 스타이치
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 bp_search2alnblocksp를 사용하세요.
