bp_seqfeature_loadp - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

bp_seqfeature_load.pl - SeqFeature 데이터베이스에 GFF 로드

기술

원하는 수의 GFF 또는 fasta 형식 파일(또는 내장된 fasta가 있는 GFF)을 전달하여 로드
기능 및 시퀀스를 SeqFeature 데이터베이스에 저장합니다. 사용할 데이터베이스(및 어댑터)는
명령줄에 지정됩니다. --create 플래그를 사용하여 새 SeqFeature 데이터베이스를 만듭니다.

개요

bp_seqfeature_load.pl [옵션] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

자세한 내용은 'bp_seqfeature_load.pl --help' 또는 '--man'을 시도하십시오.

옵션

-d, --dsn
DBI 데이터 소스(기본 dbi:mysql:test)

-n, --네임스페이스
사용할 테이블 접두사(기본값 undef) 여러 개의 독립적인 시퀀스 기능을 허용합니다.
단일 데이터베이스에 저장할 데이터베이스

-s, --seq 기능
생성할 SeqFeature의 유형... RTSC(기본 Bio::DB::SeqFeature)

-a, --어댑터
사용할 스토리지 어댑터(클래스)(기본 DBI::mysql)

-v, --자세한
자세한 진행률 보고 켜기(기본값 true) --noverbose를 사용하여 이 기능을 끕니다.

-f, --빠른
빠른 로딩을 활성화합니다. (기본값 0) 일부 어댑터에만 사용할 수 있습니다.

-T, --임시 디렉토리
빠른 로딩을 위한 임시 디렉토리 지정(기본 File::Spec->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
true인 경우 GFF3 파일의 ##sequence-region 지시문을 무시합니다(기본값,
지역별 기능)

-c, --만들기
데이터베이스를 생성하고 다시 초기화합니다(기본값은 false).
데이터베이스 콘텐츠(있는 경우).

-u, --사용자
데이터베이스에 연결할 사용자

-p, --암호
데이터베이스에 연결하는 데 사용할 암호

-z, --zip
공간을 절약하기 위해 데이터베이스 테이블을 압축합니다(기본값은 false).

-S, --하위 기능
하위 기능 인덱싱 켜기(기본값 true) --nosubfeatures를 사용하여 이 기능을 끕니다.

--요약
커버리지 그래프에 대한 요약 통계 생성(기본값은 false)
이전에 로드된 데이터베이스 또는 로드 중. --create가 다음과 같은 경우 기본적으로 true로 설정됩니다.
익숙한.

-N, --nosummary
공간과 로드 시간을 절약하기 위해 요약 통계를 생성하지 마십시오(기본값인 경우
--create가 지정되지 않은 경우 이 옵션을 사용하여 요약 통계를 명시적으로 끕니다.
--create가 지정된 경우)

--noalias-대상
Target 속성에서 값이 target_id인 Alias ​​속성을 생성하지 마십시오(만약
기능에 대상 속성이 포함된 경우 기본값은 별칭 속성을 생성하는 것입니다.
값이 Target 속성의 target_id인 경우)

참조하시기 바랍니다 http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml GFF3에 대한 정보
체재. BioPerl은 ##index-subfeatures 지시문을 추가하여 형식을 약간 확장합니다. 세트
데이터베이스가 기능을 검색할 수 있게 하려면 이 값을 true 값으로 설정하십시오.
최상위 수준과 독립적인 개별 부분(예: 전사체의 엑손)
특징 :

##색인 하위 기능 1

또한 다음을 통해 사례별로 하위 기능의 인덱싱을 제어할 수 있습니다.
기능의 속성 목록에 "index=1" 또는 "index=0"을 추가합니다. 이것은 만 사용해야합니다
하위 기능에 대한.

하위 기능 인덱싱은 기본적으로 true입니다. 많은 데이터베이스 공간을 절약하려면 false(0)로 설정하십시오.
그리고 속도 성능. --nosubfeatures를 사용하여 이를 강제할 수 있습니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 bp_seqfeature_loadp 사용