이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 ClonalFrame 명령입니다.
프로그램:
이름
ClonalFrame - 다중 위치 서열 데이터를 이용한 세균 소진화의 추론
개요
ClonalFrame [OPTIONS] 입력 파일 출력 파일
기술
ClonalFrame은 샘플 구성원 간의 클론 관계를 식별하는 반면
또한 상동 재조합 이벤트의 염색체 위치를 추정합니다.
클론 유전을 방해했습니다.
옵션 :
-x NUM 번인 후 반복 횟수를 설정합니다(기본값은 50000).
-y NUM 번인 반복 횟수를 설정합니다(기본값은 50000).
-z NUM 샘플 간의 반복 횟수를 설정합니다(기본값은 100).
-e NUM 반복당 분기 교환 이동 수를 설정합니다(기본값은
분기 교환에 소요되는 시간)
-m NUM theta의 초기 값을 NUM으로 설정합니다(기본값은 Watterson 추정치임).
-d NUM 델타의 초기 값을 NUM으로 설정합니다(기본값은 0.001).
-n NUM nu의 초기값을 NUM으로 설정(기본값은 0.01)
-r NUM R의 초기값을 NUM으로 설정(기본값은 초기 theta/10)
-M 세타 값을 업데이트하십시오.
-D 델타 값을 업데이트하지 마십시오.
-N nu 값을 업데이트하지 않음
-R R 값을 업데이트하지 않음
-T 토폴로지를 업데이트하지 않음
-A 노드의 수명을 업데이트하지 마십시오.
-G 모든 간격 제거
-H 비다형성 위치에서 모든 간격 제거
-t NUM 사용할 초기 트리를 나타냅니다. null 트리의 경우 0, 균일하게 선택된 트리의 경우 1
합체 트리 및 UPGMA 트리용 2(기본값)
-w FILE
초기 트리에 Newick 파일 사용
-a NUM nu의 베타 사전 분포의 첫 번째 매개변수를 설정합니다.
-b NUM nu의 베타 사전 분포의 두 번째 매개변수를 설정합니다.
-U rho, theta 및 delta에 균일 사전 사용
-B 버스트 모드에서 실행
-C 사이트별 부트스트랩 절차로 UPGMA 모드에서 실행
-c 프래그먼트별 부트스트랩 절차로 UPGMA 모드에서 실행
-S NUM 난수 생성기의 시드를 NUM으로 설정합니다.
-E NUM 지수 증가율을 설정합니다(기본값은 0).
-I 정렬의 첫 번째 블록을 무시합니다.
-L ClonalFrame을 실행하기 전에 정렬 정리
-l 두 참조 사이트 사이의 최소 거리(기본값은 50)
-v 상세 모드
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 ClonalFrame 사용
