cmfetch - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

cmfetch - 파일에서 공분산 모델 검색

개요

cmfetch [옵션]
(이름의 CM을 검색합니다. )

cmfetch -f [옵션]
(에 나열된 모든 CM 검색 )

cmfetch --인덱스 [옵션]
(인덱스 가져오기용)

기술

에서 하나 이상의 CM을 검색합니다. (예: 대규모 Rfam 데이터베이스).

매우 빠른 검색을 가능하게 하려면 색인을 생성하십시오. 먼저, 사용 cmfetch --인덱스. 색인
라는 이진 파일입니다. .씨.

기본 모드는 이름 또는 액세스 권한으로 단일 CM을 검색하는 것입니다. . 럭셔리
예:

% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

와 더불어 -f 옵션, a 대신 하나 이상의 키 목록이 포함된 키를 읽습니다.
공백이 아닌 주석 행의 첫 번째 공백으로 구분된 필드
로 사용됩니다 , 라인에 남아 있는 모든 데이터는 무시됩니다. 이를 통해 다양한
로 사용할 공백으로 구분된 데이터 파일 수 NS.

사용시 -f 및 , if 인덱싱되고 키가 검색됩니다.
그들이 발생하는 순서 , 하지만 만약 인덱싱되지 않고 키가 검색됩니다.
그들이 발생하는 순서 . 이것은 구현의 부작용입니다.
경우에도 여러 키를 검색할 수 있습니다. 되감기 불가능한 스트림입니다.
표준 입력 파이프.

정상 사용 시( --인덱스 or -f 옵션), '-'(대시)일 수 있습니다.
에서 입력 읽기 표준 파일보다는. 이랑 --인덱스 선택권, 아닐 수 있습니다
'-'; 표준 입력 스트림을 인덱싱하는 것은 의미가 없습니다. 이랑 -f 옵션 중 하나
or (둘 다 아님) '-'일 수 있습니다. 읽을 때 특히 유용합니다.
임의의 명령줄을 사용할 수 있기 때문에 표준 입력에서
CM 이름 또는 액세스 목록을 생성한 다음 모두 새 파일로 가져오기 위한 호출
단 하나의 명령으로.

기본적으로 CM은 Infernal-1.1 형식의 표준 출력으로 인쇄됩니다.

옵션

-h 돕다; 명령줄 사용 및 사용 가능한 모든 옵션에 대한 간략한 알림을 인쇄합니다.

-f 두 번째 명령줄 인수는 단일 대신 . XNUMXD덴탈의
각 줄의 첫 번째 필드 검색으로 사용됩니다 (CM 이름
또는 가입). 빈 줄과 주석 줄(# 문자로 시작)은
무시되었습니다.

-o CM을 파일로 출력 표준 출력 대신.

-O 이름이 지정된 개별 파일에 CM 출력 표준 출력 대신. 이랑
-f 옵션을 선택하면 많은 파일이 생성될 수 있습니다.

--인덱스
에서 하나 이상의 프로필을 검색하는 대신 , 색인 for
미래의 검색. 이것은 생성 .ssi 바이너리 인덱스 파일.

onworks.net 서비스를 사용하여 cmfetch 온라인 사용