cmtk - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

cmtk - 전산 형태 측정 툴킷

개요

cmtk [옵션]

기술

이 도우미 스크립트는 CMTK에서 제공하는 모든 명령줄 도구에 대한 통합 액세스를 제공합니다.
실행할 CMTK 명령과 해당 옵션을 지정하십시오. 보다 cmtk- (1) 맨페이지 또는
출력 cmtk --도움 ~을 위한 특정 옵션

명령

세그먼트
아핀과 비강성 B-스플라인을 사용하여 대상 이미지를 아틀라스에 등록합니다.
등록한 다음 아틀라스 라벨 맵을 대상 이미지로 다시 포맷합니다.

asegment_sri24
SRI24 인간 두뇌 아틀라스의 선택된 채널에 대상 이미지를 등록한 다음
아틀라스 라벨 맵 중 하나를 대상 이미지로 다시 포맷합니다. 참고:
대상 이미지에는 두개골이 벗겨져 있습니다. 즉, 뇌만 포함되어 있습니다.

평균_아핀
이 도구는 사용자가 제공한 아핀 좌표 시퀀스의 평균을 계산합니다.
변형.

평균_이미지
이 도구는 픽셀별 평균, 분산, 표준 편차, z-점수 또는
사용자가 제공한 강도 이미지 목록의 엔트로피 이미지.

평균_라벨
부분 볼륨을 사용한 평균 공동 등록 라벨 이미지

avg_adm
능동형을 사용하여 평균 형상 평균 강도 이미지 및 변형 맵을 계산합니다.
변형 모델.

concat_affine
이 도구는 여러 아핀 좌표의 명시적 연결을 계산합니다.
변환은 각각 선택적으로 반전될 수 있습니다.

변환_워프
이 도구는 비강체 B-스플라인 자유 형식 변형 좌표를 변환합니다.
서로 다른 표현 간의 변환(예: 절대 대 상대)
벡터). 또한 분수 변환을 생성합니다.

변환x
이 도구는 이미지 파일 형식과 픽셀 데이터 유형 간에 변환합니다. 적용할 수도 있습니다
프로세스에서 간단한 범용 이미지 작업을 수행합니다. 임의의 수
작업은 명령줄에서 지정할 수 있으며, 이는
주문이 주어졌습니다.

dbtool
이 도구는 이미지 데이터베이스와 변환 사이의 변환을 수정하고 쿼리합니다.
그들.

dcm2이미지
DICOM 슬라이스 세트를 3D 이미지 스택에 결합

설명
이 도구는 입력 파일에 대한 자세한 설명을 이미지 또는
변형.

줄무늬를 없애다
이 프로그램은 획득한 이미지 스택에서 발생할 수 있는 스트라이프 아티팩트를 수정합니다.
슬라이스 간 강도 척도 차이.

detector_adni_phantom
이 도구는 3D 이미지에서 모든 구형 랜드마크의 위치를 ​​감지합니다.
Magphan EMR051 구조 이미징 팬텀(일명 ADNI 팬텀).

detector_spheres_matched_filter
이 도구는 XNUMX차원 이미지에서 구형 물체를 감지합니다.

dof2mat
자유도 표현에서 행렬 형식으로 아핀 변환 변환

dwi_mask_bad_slices
이 도구는 3D 확산 강조 MR 영상 세트를 읽고 불량 슬라이스를 찾습니다. 나쁜
확산 이미지의 슬라이스는 평균 강도가
모든 해당 조각의 평균 주위에 지정된 간격
남은 확산 이미지.

에피워프
에코 평면 이미지의 B0 필드 불균일성으로 인한 왜곡 수정(예:
확산 강조 이미지) 반대 위상 인코딩으로 획득한 두 이미지를 사용
지도.

fib2이미지
UNC Fiber Tracking 도구의 Fiber 추적 결과는 표준 입력에서 읽습니다.
모든 섬유 지점이 3D 이미지로 그려집니다. 결과는 다음 중 하나에 기록됩니다.
지원되는 이미지 파일 형식.

fibxform
UNC Fiber Tracking 도구의 광섬유 추적 결과가 포함된 파일은 다음에서 읽습니다.
표준 입력 및 하나 이상의 (연결된) 좌표 변환이 적용됩니다.
모든 섬유점 좌표에 적용됩니다. 결과는 다시 표준 출력에 기록됩니다.
UNC 파이버 파일 형식.

필름 이 도구는 인터리빙된 입력 이미지를 패스 이미지로 분할하고 공동 등록하며,
모션 보정된 이미지를 재구성합니다.

필터링
이 도구는 내용 구분을 포함한 공간 필터링 연산자를 적용합니다.
선택적 가우스 커널을 기반으로 하는 연산자.

fit_affine_dfield
선형 아핀 변환을 비강체 변환(B-스플라인)에 맞춥니다.
자유형 변형 또는 비모수적 변형 필드.

fit_affine_xform
선형 아핀 변환을 연결된 목록, 선택적으로 반전된 목록에 맞춥니다.
변형.

fit_affine_xform_landmarks
일치하는 랜드마크 세트에 선형 아핀 변환을 맞춥니다.

fit_spline_d필드
파라메트릭 비강체 변환(B-스플라인 자유형 변형)을
변형장

fit_spline_xform
파라메트릭 비강체 변환(B-스플라인 자유형 변형)을 목록에 맞춥니다.
연결되고 선택적으로 반전된 변환.

fview

지리 일치
이 도구는 두 개 이상의 이미지를 읽고 그리드 크기, 픽셀 여부를 테스트합니다.
크기와 이미지-공간 변환이 일치합니다. 선택적으로 모든 이미지는
테스트를 수행하기 전에 표준 방향으로 방향을 바꾸십시오. 모든 이미지가 일치하는 경우,
도구는 종료 코드 0으로 반환되고, 그렇지 않으면 종료 코드 2로 반환됩니다.
오류(예: 이미지 중 하나를 읽을 수 없음)인 경우 종료 코드는 1입니다.

glm 일반 선형을 사용한 여러 이미지의 픽셀 강도에 대한 통계적 모델링
모델.

흠 가우스 혼합에 대한 EM 알고리즘을 사용하여 이미지를 c 클래스로 분할합니다.
선택적 사전.

gregxform
이 도구는 더 이상 사용되지 않습니다. 대신 streamxform을 사용하세요.

그룹별_아핀
이 도구는 템플릿 없이 동시에 입력 이미지 모집단을 등록합니다.
'응결' 알고리즘이나
상호 정보의 연속 근사('RMI').

그룹별_초기화
입력 이미지 그룹에 대한 초기 아핀 정렬을 계산합니다.
그룹별 등록을 위한 입력

그룹별_워프
이 도구는 입력 이미지의 모집단을 동시에 등록합니다.
'응결' 알고리즘이나 그룹별 유사성 측정을 사용하는 템플릿
상호 정보('RMI')의 연속 근사치를 기반으로 합니다.

하우스도르프
이 도구는 두 라벨 이미지 사이의 Hausdorff 거리를 계산합니다.

막대 그래프
이미지 강도의 히스토그램을 생성하고 탭으로 구분된 텍스트 파일로 작성합니다.
표준 출력

이미지매스
스택 기반 후위 표기법을 사용하여 이미지에 대한 작업을 수행합니다.

interleaved_bad_slices
이 도구는 3D 이미지의 시계열을 읽고 이상값을 감지합니다.

iterative_shape_averaging

지브 이 도구는 인터리빙된 입력 이미지를 패스 이미지로 분할하고 공동 등록하며,
모션 보정된 이미지를 재구성합니다.

레벨셋
최소 지역적 차이를 이용한 레벨셋 방식의 전경/배경 분할
에너지

lmsba
이 도구는 공동 등록된 여러 다중 클래스 세분화를 결합하고
지역적으로 가중치가 부여된 모양 기반 평균화를 사용하여 아틀라스의 형식을 다시 지정했습니다.

라스바 이 도구는 공동 등록되고 재포맷된 여러 이진 분할을 결합합니다.
로컬 가중 모양 기반 평균화를 사용하는 아틀라스.

투표
이 도구는 공동 등록되고 형식이 변경된 지도책의 여러 분할을 결합합니다.
지역 가중치 투표를 사용합니다.

make_initial_affine
질량 중심 또는 주축을 정렬하여 초기 아핀 변환 계산

mat2dof
변환 행렬을 자유도로 변환

맥카페인
히스토그램 기반 또는 공분산 기반을 사용한 다중 채널 아핀 이미지 등록
공동 엔트로피 측정

맥워프
히스토그램 기반 또는
공분산 기반 결합 엔트로피 측정값

mk_adni_phantom
ADNI 구조 이미징 교정 팬텀(Magphan이라고도 함)의 이미지 생성
EMR051).

mk_analyze_hdr
사용자가 제공한 매개변수를 기반으로 Analzye 7.5 형식에 따라 헤더 파일을 만듭니다.
기하학, 데이터 유형, 방향 등

mk_nifti_hdr
사용자가 제공한 매개변수를 기반으로 NIFTI 파일 형식에 따라 헤더 파일을 만듭니다.
기하학, 데이터 유형, 방향 등

mk_phantom_3d
다양한 그리기 명령을 사용하여 3D 디지털 팬텀 이미지 생성

므비아스
이 프로그램은 바이어스를 사용하여 MR 영상의 강도 불균일성 인공물을 교정합니다.
엔트로피 최소화를 통해 추정된 필드.

중첩하다
두 개 이상의 이미지 간의 중첩 측정값 계산

탐침
이 도구는 사용자가 제공한 이미지 목록에 픽셀 값이나 기호 라벨을 인쇄합니다.
좌표.

pxsearch
이 도구는 이미지 파일과 표준 픽셀 좌표 목록을 읽습니다.
입력. 각 픽셀에 대해 이미지의 지역 이웃을 검색합니다.
최대값. 그런 다음 최대값 위치가 표준 출력에 기록됩니다.

포맷 변경
형식이 재지정된 이미지와 Jacobian 맵을 계산하기 위한 확장된 볼륨 재포맷 도구
연결된 변환의 임의 시퀀스

등록
이 프로그램은 다중 해상도를 사용하여 강성 및 유사 이미지 등록을 수행합니다.
복셀 기반 이미지 유사성 측정의 최적화.

등록x
이 프로그램은 다중 해상도를 사용하여 강성 및 유사 이미지 등록을 수행합니다.
복셀 기반 이미지 유사성 측정의 최적화.

반품
변형 필드 및 이미지의 선형(및 고차 다항식) 회귀.

방향을 바꾸다
이미지 방향 간 변환(예: 물리적으로 픽셀 배열 순서를 변경하고 조정)
저장된 해부학적 방향 정보

sba 유클리드 거리 변환을 사용한 평균 분할(레이블 필드). 모두
입력 이미지는 동일한 공간에 있어야 합니다. EDT도 이 공간에서 계산됩니다. 보다
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 기본 알고리즘에 대한 자세한 내용은

스바이 유클리드 거리 변환을 사용한 평균 분할(레이블 필드). 이것
도구는 EDT에서 보간하여 관절 보간 및 평균화를 수행합니다. 이것
입력이 동일한 고정에서 (반드시 그런 것은 아님)로 변환되어야 합니다.
다양한 움직이는 이미지. EDT 계산은 각 동영상의 공간에서 수행됩니다.
만나다 http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 기본 내용에 대한 자세한 내용은
연산.

순서
표준 입력에서 읽은 숫자 값의 시퀀스 분석

유사성
강도 차이 또는 레이블 중복과 같은 유사성 측정값을 계산합니다.
두 개의 이미지.

분열
볼륨 이미지를 하위 이미지로 분할합니다. 즉, 인터리브된 이미지를 패스로 분리합니다.

통계
이미지 픽셀 강도, 즉 평균 및 표준에 대한 통계적 계산
편차

stream_pixels
이 도구는 하나 이상의 이미지를 읽고 모든 픽셀을 표준 출력에 씁니다.
이진 형식. 선택적으로 각 이미지는 지정된 해부학적 구조로 방향을 바꿀 수 있습니다.
방향 및/또는 다른 데이터 유형으로 변환됩니다. 배관에 유용합니다.
Camino DTI 툴킷과 같은 파이프라인을 통한 이미지 데이터.

streamxform
ASCII 형식의 점 좌표 목록은 표준 입력 및 사용자-
제공된 좌표 변환 시퀀스(각각 선택적으로 반전됨)가 적용됩니다.
그들에게. 그런 다음 변환된 포인트가 표준 출력에 기록됩니다.

기호
예를 들어, 다음을 결정하기 위해 이미지의 대략적인 대칭 평면을 계산합니다.
인간 뇌 이미지의 중간 시상면. 다양한 형태의 출력이 지원되며,
예를 들어, 대칭 평면이 그려진 입력 이미지를 작성하거나 입력
대칭면을 따라 이미지가 재정렬되었습니다.

심플스
예를 들어, 다음을 결정하기 위해 이미지의 대략적인 대칭 평면을 계산합니다.
인간 뇌 이미지의 중간 시상면. 다양한 형태의 출력이 지원되며,
예를 들어, 대칭 평면이 그려진 입력 이미지를 작성하거나 입력
대칭면을 따라 이미지가 재정렬되었습니다.

테스트
통계적 유의성에 대한 픽셀별 테스트. 상관관계 및 z-점수도 계산합니다.

분할되지 않은
별도의 이미지 스택을 단일 인터리브 이미지 볼륨에 결합

unwarp_image_phantom
이 도구는 다항식 변환 또는 B-스플라인 자유형을 계산합니다.
이미지의 변형을 풀기 위한 변형. 변환은 예상 및 감지된 내용을 기반으로 합니다.
동일한 스캐너에서 획득한 구조적 팬텀 이미지의 랜드마크. 사용
이미지에서 ADNI 팬텀의 랜드마크를 감지하는 'Detect_adni_phantom' 도구
이 도구와 함께 사용하기에 적합한 가상 설명 파일을 생성합니다.

vol2csv
이 도구는 라벨 이미지의 영역 볼륨을 계산합니다. 선택적으로 허용됩니다.
밀도 지도(예: 다른 조직에 대한) 및 영역별 계산 및 인쇄
각각에 대한 내용입니다. 또한 도구는 계정에 대한 선택적 '픽셀 볼륨' 맵을 허용할 수 있습니다.
예를 들어 공간 왜곡으로 인한 로컬 픽셀 볼륨 변화의 경우.

볼륨 주입
공동 등록된 여러 개의 볼륨(저해상도)에서 고해상도 볼륨 재구성
순방향 볼륨 주입을 사용한 이미지

볼륨_재구성
역보간법을 사용하여 공동 등록된 이미지로부터 반복적인 볼륨 재구성
또는 공동 디블러링

vtkxform
ASCII 형식 VTK 파일은 표준 입력 및 사용자 제공 좌표에서 읽혀집니다.
변환(선택적으로 반전)이 정점 좌표에 적용됩니다. VTK
변환된 포인트가 있는 파일은 표준 출력에 기록됩니다.

날실을 베틀에 걸다 이 프로그램은 다중 해상도 최적화를 사용하여 비강성 이미지 등록을 수행합니다.
복셀 기반 이미지 유사성 측정 및 다중 해상도 B-스플라인
변신 모델.

warp2ps
시각화를 위해 PostScript 형식의 변형 그리드로 변형 필드를 작성하고
삽화

워프스
이 프로그램은 다중 해상도 최적화를 사용하여 비강성 이미지 등록을 수행합니다.
복셀 기반 이미지 유사성 측정 및 다중 해상도 B-스플라인
변신 모델.

xform2d필드
파라메트릭 강성 또는 비강성 변환을 샘플링된 변형 필드로 변환합니다.
주어진 참조 이미지의 픽셀 위치

xform2itk
이 도구는 좌표 변환을 CMTK 형식에서 ITK 형식으로 변환합니다.
프로세스는 이미지 좌표 규칙의 차이도 수정합니다.

xform2scalar
이 도구는 변환 및 변형 필드에서 스칼라 측정값을 추출합니다.
그리드 위치에서 샘플링하고 결과를 이미지에 씁니다. 지원되는 예
스칼라 측정값은 다음과 같습니다. 변환의 x,y,z 구성 요소, 크기
변환, 야코비 행렬식.

작가

Torsten Rohlfing, Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
마우러, 다니엘 B. 루사코프, 야로슬라프 할첸코

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 cmtk 사용