Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 codonw 명령입니다.
프로그램:
이름
codonw - 코돈 사용법의 대응 분석
기술
codonW [입력파일] [출력파일] [대량파일] [옵션] 일반 옵션 및 기본값:
-h(엘프)
이 도움말 메시지
-메뉴
메뉴 인터페이스 표시 방지
-지금 경고
표시되는 시퀀스에 대한 경고 방지
-조용한
자동으로 파일 덮어쓰기
-총액
입력 파일의 모든 유전자를 연결합니다.
-기계
기계 판독 가능 출력
인간 사람이 읽을 수 있는 출력
-암호 N
메뉴 3 옵션 5에 정의된 유전자 코드
-f_유형 N
메뉴 3 옵션 6에 정의된 Fop/CBI 코돈
-c_type N
메뉴 3 옵션 7에 정의된 Cai 적합도 값
-t (숯)
출력 파일에 사용할 열 구분 기호(쉼표, 탭, 공백)
코돈 사용 지수 및 아미노산 지수
-카이 코돈 적응 지수(CAI) 계산
-팝 최적 코돈 지수(FOP)의 빈도를 계산합니다.
-cbi 코돈 편향 지수(CBI) 계산
-enc 유효 코돈 수(ENc)
-gc 유전자의 G+C 함량(모두 3개 코돈 위치)
-gcs3 동의코돈 3번째 위치의 GC
-sil_base
동의어 세 번째 코돈 위치의 염기 조성
-L_sym 동의어 코돈의 수
-L_aa 동의어 및 비동의 코돈의 총 수
-all_indices
위의 모든 지수
-아로 단백질의 방향성 계산
-하이드 단백질의 소수성 계산
-cai_file
{file} CAI 값의 사용자 입력 파일
-cbi_file
{file} CBI 값의 사용자 입력 파일
-fop_file
{file} Fop 값의 사용자 입력 파일
대응 분석(COA) 옵션
-coa_cu
코돈 사용 빈도의 COA
-coa_rscu
상대 동의어 코돈 사용법의 COA
-coa_aa
아미노산 사용 빈도의 COA
-coa_전문가
COA에 대한 상세(전문가) 통계 생성
-coa_axes N
기록할 축 수 선택
-coa_num N
최적의 코돈 값을 식별하는 데 사용할 유전자 수를 선택하세요.
숫자 또는 백분율(5 또는 10%)
대량 출력 옵션 | 분석당 하나만 선택할 수 있습니다.
-aau 아미노산 사용량(AAU)
-raau 상대 아미노산 사용량(RAAU)
-cu 코돈 사용법(CU)(기본값)
-cutab 코돈 사용법의 도표화
-cutot 데이터 세트의 코돈 사용법 표 작성
-rscu 상대 동의어 코돈 사용법(RSCU)
-파스타 fasta 형식
-정돈하다 fasta 형식
-리더
판독기 형식(코돈은 공백으로 구분됨)
-번역
DNA를 아미노산으로의 개념적 번역
-베이스 코돈 G+C 구성에 대한 상세 보고서
-dinuc XNUMX개의 코돈 위치의 디뉴클레오티드 사용법.
-노블크 파일에 대량 출력이 기록되지 않음
여기서 {file}은 입력 파일 이름을 나타내고 N은 정수 값을 나타냅니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 codonw를 사용하세요.
