이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 compalign 명령입니다.
프로그램:
이름
compalign - 두 개의 다중 정렬 비교
개요
불평하다 [-옵션]
기술
불평하다 신뢰할 수 있는 정렬과 테스트 사이의 분수 "동일성"을 계산합니다.
조정. 두 파일에는 정확히 동일한 시퀀스가 포함되어야 합니다.
주문.
다중 서열 정렬의 동일성은 다음에 대한 평균 동일성으로 정의됩니다.
모든 N(N-1)/2 쌍 정렬.
쌍별 정렬의 두 세트의 분수 동일성은 차례로 다음과 같이 정의됩니다.
(알려진 정렬된 시퀀스 k1 및 k2 및 정렬된 테스트 시퀀스 t1 및 t2의 경우):
일치 열/총 열
여기서 총 열 = 다음이 있는 총 열 수
k1 또는 k2의 유효한 (비갭) 기호;
일치하는 열 = 다음 중 하나가 포함된 열의 수
다음이 사실입니다:
k1과 k2는 둘 다 주어진 열에서 유효한 기호를 가지고 있습니다. t1 및 t2
t1/t2의 열에 동일한 기호가 정렬되어 있습니다.
조정;
k1은 k2의 간격에 정렬된 기호를 가지고 있습니다. t1의 기호는
또한 간격에 맞춰 정렬됩니다.
k2은 k1의 간격에 정렬된 기호를 가지고 있습니다. t2의 기호는
또한 간격에 맞춰 정렬됩니다.
가능한 모든 쌍에 대한 점수가 계산되기 때문에 알고리즘은 (N^2)L 차수가 됩니다.
길이가 L인 N개의 시퀀스; 큰 시퀀스 세트는 시간이 걸립니다.
옵션
사용 가능한 옵션 :
-h 간단한 도움말 및 사용 정보를 인쇄합니다.
-c 표시된 #=CS 합의 구조에서만 비교하십시오.
--정보
두 선형 모두 형식 (예: MSF) 으로 지정합니다 .
--조용한
장황한 헤더를 억제합니다(회귀 테스트에 사용됨).
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 compalign 사용
