이는 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 correct_abundances 명령입니다.
프로그램:
이름
correct_abundances - 게놈 존재비 유사성 수정 단계 실행
개요
올바른_풍부함 이름
기술
유사성 수정 단계를 실행합니다.
참고: 읽기 매퍼를 직접 실행하거나 유사성을 생성하는 것이 가능하지만
매트릭스를 수동으로 실행하려면 제공된 Python 스크립트 'run_mappers.py'를 사용하는 것이 좋습니다.
및 'create_similarity_matrix.py'.
옵션
이름: 이름 파일의 파일 이름; 일반 텍스트 이름 파일에는 당 하나의 이름이 포함되어야 합니다.
선. 이름은 전체 알고리즘에서 식별자로 사용됩니다.
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료
-m SMAT, --유사성 행렬=SMAT
유사성 매트릭스 파일의 경로입니다. 유사성 매트릭스는 동일한
이름 파일. [기본값: ./similarity_matrix.npy]
-s 샘, --samfiles=SAM
매퍼가 생성한 SAM 파일을 가리키는 패턴입니다. 이름 자리 표시자
"%s"입니다. [기본값: ./SAM/%s.sam]
-b 신병, --부트스트랩-샘플=BOOT
부트스트랩 샘플 수를 설정합니다. 1을 사용하여 부트스트래핑을 비활성화합니다[기본값: 100]
-o 밖, --산출=OUT
결과가 포함된 일반 텍스트 출력 파일입니다. [기본값: ./results.txt]
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 correct_abundances 사용
