이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 명령 cpgplote입니다.
프로그램:
이름
cpgplot - 뉴클레오티드 서열에서 CpG 섬 식별 및 플롯
개요
cpgplot -순서 시퀄 -창문 정수 -민렌 정수 -미노에 뜨다 -minpc 뜨다
-아웃파일 아웃파일 -구성 비녀장 -그래프 xygraph - obsexp 부울 -CG 부울
-pc 부울 -패배 위업
cpgplot -도움
기술
cpgplot EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). "Nucleic:CpG Islands" 명령 그룹의 일부입니다.
옵션
입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀄
필수 섹션에 있어야 합니다.
-창문 정수
백분율 CG 함량 및 CG의 관찰 빈도는 내에서 계산됩니다.
이 매개변수에 의해 크기가 설정되는 창입니다. 창은 순서대로 아래로 이동하고
이러한 통계는 창이 이동된 각 위치에서 계산됩니다. 기본
값: 100
-민렌 정수
이것은 보고되기 전에 CpG 섬이 있어야 하는 최소 길이를 설정합니다.
기본값: 200
-미노에 뜨다
이것은 세트에서 C + G 대 CpG의 예상 비율에 대해 관찰된 최소 평균을 설정합니다.
CpG 섬이 보고되기 전에 필요한 창 10개 중 기본값: 0.6
-minpc 뜨다
이것은 G + C의 최소 평균 백분율을 설정하는 10개의 창 세트입니다.
CpG 섬이 보고되기 전에 필요합니다. 기본값: 50.
산출 섹션에 있어야 합니다.
-아웃파일 아웃파일
이것은 입력 시퀀스 이름 CpG의 보고서를 포함하는 파일 이름을 설정합니다.
아일랜드 매개변수 및 발견된 CpG 아일랜드의 출력 세부 정보.
-구성 비녀장
기본값: Y
-그래프 xygraph
- obsexp 부울
이것이 true로 설정되면 C + G의 관찰 대 기대 비율 그래프
창 내의 CpG가 표시됩니다. 기본값: Y
-CG 부울
이것이 true로 설정되면 다음으로 결정된 영역의 그래프
CpG 섬이 표시됩니다. 기본값: Y
-pc 부울
이것이 true로 설정되면 창 내의 백분율 C + G의 그래프는 다음과 같습니다.
표시됩니다. 기본값: Y
-패배 위업
출력 기능용 파일
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 cpgplote 사용
