dcmstack - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

dcmstack - DICOM을 NIfTI로 변환하는 변환기

기술

사용법: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--복셀 순서 VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--벡터-var VECTOR_VAR] [--시간 순서 TIME_ORDER] [--벡터 순서 VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--추출-개인] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--strict] [--버전]
[src_dirs [src_dirs ...]]

각 소스 디렉터리의 DICOM 파일을 2D~5D 볼륨으로 쌓고 선택적으로 추출
메타 데이터.

위치 인수 :
src_dirs
DICOM 파일이 포함된 소스 디렉터리입니다.

선택 인수 :
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료

입력 옵션 :
--강제 읽기
서문이 누락된 경우에도 모든 파일을 DICOM으로 읽어 보십시오.

--파일-연장 FILE_EXT
주어진 확장자를 가진 파일만 읽으십시오. 기본값: .dcm

--허용 인형
픽셀 데이터가 누락된 DICOM 파일을 허용하여 해당 출력 조각을 채웁니다.
nifti는 표현 가능한 최대 값을 갖습니다.

산출 옵션 :
--대상 디렉토리 DEST_DIR
대상 디렉터리, 기본값은 소스 디렉터리입니다.

-o 출력_NAME, --출력 이름 출력_이름
DICOM 태그를 기반으로 출력 파일 이름을 결정하는 Python 형식 문자열입니다.

--출력-연장 OUTPUT_EXT
출력 파일 유형의 확장자입니다. 기본값: .nii.gz

-d, --dump-메타
추출된 메타데이터를 기본 이름과 동일한 JSON 파일로 덤프합니다.
생성된 Nifti

--임베드-메타
추출된 메타데이터를 Nifti 헤더 확장(JSON 형식)에 포함합니다.

스태킹 옵션 :
-g GROUP_BY, --그룹별 GROUP_BY
입력 파일을 스택으로 그룹화하기 위한 쉼표로 구분된 메타데이터 키 목록입니다.

--복셀 순서 VOXEL_ORDER
공간 인덱스가 환자의 이러한 방향에서 시작되도록 복셀을 주문하십시오.
공간. 환자 공간의 방향은 세 문자 코드로 제공되어야 합니다.
(l)왼쪽, (오른쪽) 오른쪽, (a) 앞쪽, (p) 뒤쪽, (s) 위쪽, (i) 아래쪽. 빈 전달
문자열은 방향 재설정을 비활성화합니다. 기본값: LAS

-t TIME_VAR, --시간-변수 TIME_VAR
시간 차원에 따라 스택을 정렬하는 데 사용할 DICOM 요소 키워드입니다.

--벡터-var VECTOR_VAR
벡터 차원에 따라 스택을 정렬하는 데 사용할 DICOM 요소 키워드입니다.

--시간 순서 TIME_ORDER
원하는 값 순서(한 줄에 하나씩)가 포함된 텍스트 파일을 제공하세요.
시간 변수로 사용되는 속성입니다. 이 옵션은 거의 필요하지 않습니다.

--벡터 순서 VECTOR_ORDER
원하는 값 순서(한 줄에 하나씩)가 포함된 텍스트 파일을 제공하세요.
벡터 변수로 사용되는 속성입니다. 이 옵션은 거의 필요하지 않습니다.

메타 추출 과 필터링 옵션 :
-l, --목록 번역기
활성화된 번역자를 나열하고 종료합니다.

--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR
제공된 태그에 대한 번역기를 비활성화합니다. 태그는 다음 형식으로 제공되어야 합니다.
"0x0_0x0". 둘 이상의 항목을 쉼표로 구분된 목록으로 제공할 수 있습니다. "모두"라는 단어가 있으면
제공되면 모든 번역기가 비활성화됩니다.

--추출-비공개
변환기가 없더라도 비공개 요소에서 메타데이터를 추출합니다. 만약
요소 값에 ASCII가 아닌 바이트가 포함되어 있어도 무시됩니다. 그만큼
추출된 메타데이터는 여전히 정규식에 의해 필터링될 수 있습니다.

-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
키가 제공된 정규식과 일치하는 메타데이터를 포함합니다. 이것
모든 제외 표현식을 재정의합니다. 모든 메타데이터에 적용됩니다.

-e EXCLUDE_REGEX, --제외 정규식 EXCLUDE_REGEX
키가 제공된 정규식과 일치하는 메타데이터를 제외합니다. 이것
기본 제외 표현식을 보완합니다. 모든 메타데이터에 적용됩니다.

--기본 정규식
기본 포함 및 제외 정규식 목록을 인쇄하고 종료합니다.

일반 옵션 :
-v, --말 수가 많은
추가 정보를 인쇄하십시오.

--엄격한
경고를 표시하는 대신 첫 번째 예외에서 실패합니다.

--번역
버전을 표시하고 종료합니다.

메타데이터에 개인 건강 정보가 있는지 아는 것은 귀하의 책임입니다
이 프로그램에서 추출되었습니다.

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