이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 명령 demux입니다.
프로그램:
이름
demux - XPLOR 거리 제한을 Gromacs 형식으로 변환
개요
디 먹스 md0.log 여분의
기술
궤적을 다시 연속으로 만들고 싶다면 다음을 사용할 수 있습니다. 디 먹스 읽다
md0.log 파일(필요한 경우 여러 개를 연결할 수 있음) 및 몇 가지 출력 생성
파일. 이 중 하나는 .xvg 파일(레플리카_ndx.xvg)로 전달할 수 있는 trjcat(1) 따라
연속 궤적을 생성하기 위해 원본 궤적 파일과 함께. 다른
파일 (복제본_임시.xvg)는 각 복제본에 대한 온도를 포함하며,
원래 온도. 따라서 관심 있는 복제본이 예를 들어 300K에서 시작하는 경우 다음을 따를 수 있습니다.
온도 공간을 통한 궤적. 몇 가지를 추가하는 것이 흥미로울 것입니다
각 복제본에 대한 온도 분포의 히스토그램을 만드는 기능.
대부분의 저자에 따르면 평평해야 합니다. demuxed 궤적은 다음과 함께 사용할 수 있습니다.
g_운동학(1) REMD 궤적에서 단백질 접힘 동역학을 얻습니다.
옵션
md0.log 연속으로 만들려는 궤적 실행의 로그 파일입니다. 여러 파일이 될 수 있습니다.
함께 첨부합니다.
여분의 로그 파일의 각 항목이 복사되는 횟수입니다. (정수)
제한 사항
당신의 교환이 N ps마다 이루어지고 당신이 잃어버린 것을 위해 만들 수 있는 모든 M ps를 저장했다면
설정에 의한 프레임 여분의 (N/M - 1)로. N/M이 정수가 아니면 운이 없는 것입니다.
당신의 궤적을 전혀 demux할 수 없을 것입니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 demux 사용
