이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator 또는 MAC OS online emulator와 같은 다양한 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 명령 em_conse입니다.
프로그램:
이름
cons - 다중 정렬에서 합의 시퀀스 생성
개요
죄수 -순서 시퀀스 세트 [-데이터 파일 매트릭스] [-복수 뜨다] [-신원 정수]
[-세트케이스 뜨다] - outseq 분리 [-이름 현]
죄수 -도움
기술
죄수 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈 소프트웨어
모음곡"). "정렬:합의" 명령 그룹의 일부입니다.
옵션
입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀀스 세트
시퀀스 정렬이 포함된 파일입니다.
-데이터 파일 매트릭스
이것은 시퀀스를 비교할 때 사용되는 스코어링 매트릭스 파일입니다. 기본적으로
파일 'EBLOSUM62'(단백질의 경우) 또는 파일 'EDNAFULL'(핵 서열의 경우). 이것들
파일은 EMBOSS 설치의 'data' 디렉토리에 있습니다.
추가 섹션에 있어야 합니다.
-복수 뜨다
합의가 없는 긍정적인 일치 수에 대한 컷오프를 설정합니다.
기본 복수는 모든 시퀀스의 총 가중치의 절반으로 간주됩니다.
조정. 기본값: @( $(sequence.totweight) / 2)
-신원 정수
사이트에서 필요한 수의 ID를 설정하는 기능을 제공합니다.
그 입장에서 합의를 하라. 따라서 이것을 개수로 설정하면
정렬의 시퀀스만 ID 열이 합의에 기여합니다.
-세트케이스 뜨다
합의가 대문자인 긍정 일치에 대한 임계값을 설정합니다.
그리고 그 아래에는 합의가 소문자로 되어 있습니다. 기본값: @(
$(sequence.totweight) / 2)
산출 섹션에 있어야 합니다.
- outseq 분리
-이름 현
onworks.net 서비스를 사용하여 em_conse를 온라인으로 사용하세요
