findknownsnps - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

findknownsnps - snpomatic의 주요 실행 파일

개요

findknownsnps 옵션

기술

findknownsnps는 다음의 주요 실행 파일입니다. snpomatic 소프트웨어.

옵션

이러한 옵션은 출력이 파일, 표준 출력 또는 직접 기록되는지 여부를 제어합니다.
맨 호출기에.

--genome=GENOME_FILE
염색체가 포함된 FASTA 파일(필수)

--fasta=FASTA_FILE
Solexa 읽기가 포함된 FASTA 파일(필수, --fastq 또는 --index가 사용되는 경우 제외)

--fasta=FASTA_FILE
Solexa 읽기가 포함된 FASTA 파일(필수, --fastq 또는 --index가 사용되는 경우 제외)

--fastq=FASTQ_FILE
Solexa 읽기가 포함된 FASTQ 파일(필수, --fasta 또는 --index가 사용되는 경우 제외)

--fastq2=FASTQ_FILE2
Solexa 읽기가 포함된 FASTQ 파일(선택 사항, 읽기 메이트)

--nono=파일 이름
무시할 읽기 이름 목록(!)이 포함된 파일(선택 사항)

--regions=REGION_FILE
새로운 SNP를 찾기 위한 영역 파일(선택 사항) [지원 중단됨]

--snps=SNP_FILE
단순 SNP 파일(선택 사항)

--gff=GFF_FILE
SNP가 포함된 GFF 파일(선택 사항)

--고유성=FILE
참조용 고유성 데이터 파일을 출력합니다. Solexa 읽기가 필요하지 않습니다. 암시한다
--단축키 없음 (선택 사항)

--파일업=파일
전체 파일업을 해당 파일로 출력합니다(선택 사항).

--시가=파일
CIGAR 형식으로 정렬 출력(선택 사항)

--gffout=파일
GFF 형식으로 출력 읽기(옵션)

--coverage=파일이름
출력(높은 깊이) 적용 범위 데이터(선택 사항)

--wobble=파일 이름
가능한 변형 목록을 출력합니다(선택 사항, 쌍으로 된 읽기만 해당) [UNDER
건설]

--fragmentplot=파일 이름
조각 크기 분포의 플롯을 파일로 출력합니다(선택 사항).

--snpsinreads=파일 이름
알려진 SNP가 포함된 읽기 목록을 파일로 출력합니다(선택 사항).

--indelplot=FILENAME
indel 데이터를 파일로 출력합니다(선택 사항).

--inversions=FILENAME
쌍을 이루는 읽기의 경우 반전을 나타내는 읽기 일치 항목을 파일에 씁니다(선택 사항).

--faceaway=FILENAME
쌍을 이루는 읽기의 경우 서로 "얼굴을 마주보는" 읽기 일치 항목을 파일에 씁니다.
(선택 사항)

--sqlite=파일명
정렬 데이터를 사용하여 sqlite 텍스트 파일을 생성합니다. [실험적](선택 사항)

--sam=파일 이름
SAM 정렬 파일 생성(선택 사항)

--spancontigs=FILENAME
"절반" 읽기가 다른 contig에 고유하게 매핑되는 읽기 쌍을 출력합니다(선택 사항).

--bins=FILE_PREFIX
불일치, 단일 일치 및 다중 일치 출력 Solexa는 접두사가 붙은 파일을 읽습니다.
(선택 사항)

--binmask=마스크
개별 저장소를 끄려면 1과 0을 마스크합니다. 순서: 일치하지 않음, 단일 일치,
다중 일치, IUPAC. 예: 0100은 단일 일치 저장소만 생성합니다. (선택 과목;
기본값:1111)

--pair=번호
쌍을 이루는 읽기의 경우 읽기의 첫 번째 부분 길이(쌍을 이루는 경우 필수)
읽다)

--조각=숫자
쌍 읽기의 경우 평균 조각 길이(쌍 읽기의 경우 필수)

--variance=NUMBER
쌍을 이루는 읽기의 경우 양쪽에 대한 조각 길이의 변화(선택 사항,
기본값: 조각 크기의 1/4)

--wobblemax=숫자
워블에 대한 최대 불일치 수(선택 사항, 기본값 2, --wobble 참조)

--mspi=숫자
염색체 색인당 최대 SNP 수(선택 사항, 기본값: 8)

--색인=파일 이름
인덱스 파일 이름(인덱스가 없으면 생성됨, 선택 사항)

--단축키 없음
많은 반복이 있는 영역을 포함하여 모든 염색체 영역을 처리합니다(선택 사항, 아니요
값)

--snps전용
파일업에서 발견된 SNP만 나열합니다(선택 사항, 값 없음).

--염색체=이름
실행 전에 NAME을 제외한 모든 염색체를 폐기합니다(선택 사항).

--index_from=숫자
모든 염색체의 이 위치에서 인덱싱을 시작합니다(선택 사항).

--index_to=숫자
모든 염색체의 이 위치에서 인덱싱을 중지합니다(선택 사항).

--chop=숫자
쌍을 이루는 읽기의 경우, 하나는 일치하지만 다른 하나는 일치하지 않으면 다른 하나를 다음과 같이 줄입니다. NUMBER
베이스(옵션)

--index1=숫자
내부 인덱스 길이 1 (선택, 기본값:10)

--index2=숫자
내부 인덱스 길이 2 (선택, 기본값:16)

--memory_save=숫자
NUMBER개의 위치마다 게놈을 색인화합니다. 메모리와 런타임을 절약하지만
이상한 부작용이 있습니다(선택 사항).

--다중 일치
다중 일치 읽기를 임의의 위치에 넣습니다(선택 사항). [현재 쌍을 이루고 있음]
읽기 전용]

--단일 일치
단일 일치에 대해서만 추가 출력 기능을 수행합니다(선택 사항). [현재
페어링된 읽기 전용]

--폼 쌍을 이루는 읽기의 경우 최소한 하나의 읽기가 게놈에서 고유하게 일치해야 합니다(강제
고유한 일치)(선택 사항)

--불일치
인덱스 외부에서 허용되는 불일치 수(index1+index2)(선택 사항)

--rpa=파일명
모든 읽기 쌍 정렬을 파일에 씁니다(선택 사항).

2015년 일월 알려진 NPS 찾기(1)

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 findknownsnps를 사용하세요.