freecontact - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

freecontact - 빠른 단백질 접촉 예측기

개요

프리컨택트 [옵션]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > contact.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | 자유연락
--parprof evfold > contact.out

프리컨택트 --ali=알리파일 --적용-간격=BOOL --클러스터PC=NUM --밀도=NUM --cov20=BOOL
--추정-ivcov=BOOL --갭=NUM --icme-시간 초과=NUM --입력 형식=[플랫|xml]
--mincontsep=NUM --출력 형식=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --의사=NUM
--pscount-중량=NUM --로=NUM --스레드=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

기술

FreeContact는 속도에 최적화된 단백질 잔류물 접촉 예측기입니다. FreeContact 수
게시된 접촉 예측자 EVfold-mfDCA에 대한 가속 드롭인 기능
DS. Marks et al. (2011) [1], D. Jones et al.의 PSICOV. (2011) [2].

FreeContact는 벡터 명령어, 다중 스레드 및
핵심 부품의 더 빠른 구현. 얼라인먼트에 따라 8배 이상 속도 향상
가능합니다.

의미 있는 결과를 얻으려면 충분히 큰 정렬이 필요합니다. 최소한,
의 길이보다 큰 유효(가중 후) 시퀀스 수로 정렬
쿼리 시퀀스를 사용해야 합니다. 수만 개의 (유효한) 시퀀스 정렬
좋은 입력으로 간주됩니다.

잭머(1) 또는 hhblits(1)은 예를 들어 정렬을 생성하는 데 사용할 수 있습니다.

[1] 플로스원. 2011년;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011년 7월 XNUMX일.
진화적 서열 변이로부터 계산된 단백질 3D 구조. Marks DS, Colwell LJ,
셰리던 R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, 샌더 C.

[2] 생물정보학. 2012년 15월 XNUMX일;28(2):184-90. Epub 2011년 17월 XNUMX일. PSICOV: 정확함
큰 배수에 대한 희소 역공분산 추정을 사용한 구조적 접촉 예측
시퀀스 정렬. 존스 DT, 뷰찬 DW, 코제토 D, 폰틸 M.

입력
다음 형식이 지원됩니다.

플랫
다음과 같은 간단한 입력 파일 형식이 사용됩니다.

# 쿼리 시작=5
# 쿼리=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
NOGAPSORINSERTIONS가 있는 QUERYSEQUENCE
-정렬---순차--간격 있음-----
다른 정렬------------순서

'#' 헤더 행은 선택 사항입니다. 헤더 라인은 접촉 잔류물을 계산하는 데 사용됩니다.
특정 출력 형식에 대한 각 쿼리 잔여물을 조회합니다.

쿼리가 정의되지 않은 경우 정렬의 첫 번째 시퀀스가 ​​쿼리로 사용됩니다.
순서. 쿼리 시퀀스는 정렬에 간격을 포함해서는 안 됩니다.

모든 정렬 행은 길이가 같아야 하며 다음만 포함할 수 있습니다.
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B]는 [D]에 매핑되고, [Z]는 [E]에 매핑되고, [JOUX]는
[X]에 매핑됩니다. [X]는 전체 프로그램에 대해 자신과만 일치합니다.

A2M 입력 정렬은 다음을 사용하여 위의 형식으로 변환할 수 있습니다.
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln은 정렬을 직접 파이프하는 데 사용할 수 있습니다.
프리컨택트에.

XML 하나의 XML 문서http://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
BioXSD[4]에서 파생된 FreeContact 스키마[5]에 정의된 요소입니다.

예: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

산출
원래 EVfold-mfDCA 또는 PSICOV 출력 형식은 각각의 경우 기본적으로 사용됩니다.
매개변수 프로필이 선택됩니다.

에폴드 (EVfold-mfDCA)
5K 6L 0.332129 3.59798
| | | | | + 수정된 규범(CN) 접촉 점수
| | | | + 상호 정보(MI) 점수
| | | + 접촉 아미노산 잔기 코드
| | + 연락처 잔류 번호
| + 접촉 아미노산 잔기 코드
+ 연락처 잔류 번호

연락처는 잔여 번호에 따라 정렬됩니다.

pfrmat_rr (시코프)
CASP 잔류 잔류물 분리 예측(PFRMAT RR) 형식[3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + 연락처 점수
| | +-+ 범위 [Å] 잔기 쌍에 대해 예측된 Cb-Cb 거리
| | (글리신의 경우 C-알파)
| | 이 두 필드는 출력에서 ​​변하지 않습니다.
| + 연락처 잔류 번호
+ 연락처 잔류 번호

연락처는 점수에 따라 내림차순으로 정렬됩니다.

[삼]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?페이지=형식>

바이오xsd
하나의 XML 문서http://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
BioXSD[4]에서 파생된 FreeContact 스키마[5]에 정의된 요소입니다.

예: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

참고: BioXSD는 FreeContact와 협력하여 활발히 개발 중이므로,
FreeContact 스키마는 실제로 [5]에서 아직 사용할 수 없는 버전에서 파생될 수 있습니다.

[4]

[삼]http://bioxsd.org>

출력에 가능한 모든 연락처가 나열되지 않을 수 있습니다.

참조

제출 된. FreeContact: 빠르고 자유로운 직접적인 잔류물-잔류물 접촉 예측.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

옵션

-a [ --threads ] 인수
사용할 스레드 [0-). 0은 코어 수를 의미합니다.

--apply-gapth 인수
true인 경우 가중치 간격 빈도가 있는 잔여 열 및 행 제외 > --갭
공분산 행렬 [Boolean]에서.

-c [ --clustpc ] 인수
BLOSUM 클러스터링 백분율 [0-100].

--cov20 인수
참이면 공분산 행렬에서 하나의 아미노산을 남겨두고 과잉 결정되지 않도록 합니다.
[부울].

-d [ --밀도 ] 인수
대상 정밀도 행렬 밀도 [0-1]. 세트 0 밀도를 제어하지 않습니다.

-디버그
디버깅을 켭니다.

--estimate-ivcov 인수
역행렬[Boolean] 대신 역 공분산 행렬 추정을 사용합니다.

-f [ --ali ] 인수(=-)
정렬 파일 [경로]. '-'인 경우 표준 입력입니다. 기본: '-'.

-g [ --gapth ] 인수
가중 간격 빈도 임계값(0-1].

-h [ --도움말 ]
이 도움말 메시지를 생성합니다.

-i [ --input-format ] 인수(= 플랫)
입력 형식 [flat|xml].

--icme-timeout 인수(=1800)
역 공분산 행렬 추정 시간 초과(초)[0-). 각 iversion에 적용
독립적으로 호출합니다. 시간 초과가 발생하면 프로그램이 상태로 종료됩니다. 2.

--mincontsep 인수
다음과 같이 아미노산에 주어진 최소 서열별 접촉 잔기 쌍 분리
(ji>=인수). 1 인접한 잔류물에 대해. [1-).

-o [ --출력 형식 ] 인수
출력 형식 [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof 인수(=기본값)
매개변수 프로필(선택 사항) [default|evfold|psicov]. 기본 프로필은 에폴드.

명령줄 인수를 사용하여 프로필 값을 재정의할 수 있습니다.

에폴드
EVfold-mfDCA [1] 호환 모드를 트리거합니다.

사이코프
PSICOV [2] 호환 모드를 트리거합니다.

psikov-sd
트리거 PSICOV [2] 합리적인 기본 모드: 고정 기본 rho, 밀도 제어 없음.

-w [ --pscount-weight ] 인수
의사 카운트 가중치 [0-1].

-p [ --pseudocnt ] 인수
의사 카운트 [0-).

--원기
표준 오차에 유효한 매개변수를 인쇄합니다. 이 옵션을 사용하여 어떤 매개변수가
프리컨택트(1) 세부적으로 실행됩니다. 이것은 특히 다음과 같은 경우에 유용합니다. --파프로프
옵션은 다른 옵션과 함께 사용됩니다.

--rho 인수
Glasso 정규화 매개변수의 초기 값 [0-). 음수인 경우 값을 선택하십시오.
자동으로.

--조용한 인수(=0)
표준 오류 시 오류 메시지만 인쇄합니다. 영향을 미치지 않는다 -디버그.

--veczw 인수
가능한 경우 벡터화된 시퀀스 가중치를 사용합니다[부울].

--번역
인쇄 버전.

EXIT 지위

0 오류 없음 - 성공.

1 정의되지 않은 오류.

2 시간 초과(참조 --icme-시간 초과)가 발생했습니다.

사용 예

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

노트

최적의 성능을 위해 ATLAS(Automatically Tuned Linear Algebra Software)를 사용하십시오.
도서관 컴파일 on 전에, 기계 freecontact가 실행되는 곳.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 freecontact 사용