이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 게놈-음악-bmr-calc-wig-covgp 명령입니다.
프로그램:
이름
게놈 음악 bmr calc-wig-covg - 주어진 각 흔들기 트랙에 대해 유전자당 포함된 염기 수 계산
형식 파일.
버전
이 문서는 게놈 음악 bmr calc-wig-covg 버전 0.04(2016-01-01 at)에 대해 설명합니다.
23:10:18)
개요
게놈 음악 bmr calc-wig-covg --roi-file=? --참조 순서=? --가발 목록=?
--출력-디렉토리=?
일반적인 사용법:
... 음악 bmr calc-wig-covg \
--가발 목록 입력_디렉터리/가발_목록 \
--출력 디렉토리 output_dir/ \
--참조 시퀀스 input_dir/all_sequences.fa \
--roi-파일 input_dir/all_coding_exons.tsv
필요한 인수
수익 파일 본문
탭으로 구분된 ROI 목록 [chr start stop gene_name](설명 참조)
참조 시퀀스 본문
FASTA 형식의 참조 시퀀스 경로
가발 목록 본문
탭으로 구분된 WIG 파일 목록[sample_name wig_file](설명 참조)
출력 디렉토리 본문
출력 파일 및 하위 디렉토리가 기록될 디렉토리
기술
이 스크립트는 주어진 각 유전자의 ROI에서 충분한 범위의 염기를 계산합니다.
wiggle 트랙 형식 파일을 만들고 AT, CG(비 CpG) 및 CpG 카운트로 분류합니다.
또한 각 샘플에 대한 각 유전자의 모든 ROI에 걸쳐 이러한 염기 수를 합산하지만
겹치는 ROI 내에 있는 덮힌 기지는 한 번 이상 계산되지 않습니다.
이 총 수.
인수
--roi 파일
각 유전자의 관심 영역(ROI)은 일반적으로
2-bp를 가진 유전자의 시퀀싱 또는 병합된 엑손 유전자좌(여러 전사체에서)
플랭크(스플라이스 접합부). 유전자당 염기 수의 경우 겹치는 염기는
동일한 유전자의 ROI에 나타날 때마다 계산됩니다. 이를 방지하려면 반드시
동일한 유전자의 겹치는 ROI를 병합합니다. BEDtools의 mergeBed를 사용하면 도움이 됩니다.
유전자 당.
--참조 시퀀스
FASTA 형식의 참조 서열. 참조 시퀀스 인덱스를 찾을 수 없는 경우
이 파일(.fai 파일) 옆에 생성됩니다.
--가발 목록
샘플 이름과 위글 트랙 형식 파일 위치가 포함된 파일을 제공하십시오.
각. 탭으로 구분된 형식 [sample_name wig_file]을 한 줄에 사용하십시오. 추가 열
같은 임상 데이터는 허용되지만 무시됩니다. sample_name은 다음과 동일해야 합니다.
MAF 파일에 사용된 종양 샘플 이름(헤더가 있는 16번째 열
종양_샘플_바코드).
--출력 디렉토리
다음이 생성/작성될 출력 디렉터리를 지정합니다. roi_covgs:
각 샘플에 대한 ROI별 적용 기본 수를 포함하는 하위 디렉터리입니다. gene_covgs:
각 샘플에 대한 유전자별 적용 염기 수를 포함하는 하위 디렉토리입니다. total_covgs:
샘플당 전체 겹치지 않는 적용 범위를 포함하는 파일입니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 게놈 음악-bmr-calc-wig-covgp를 사용하십시오.
