getData - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

getData - 인터넷에서 데이터베이스 검색

개요

getData [ --mirrordir ]

getData --목록

기술

생물 정보학은 생물학적 데이터를 최종 사용자에게 제공하는 데 본질적인 문제가 있습니다.
천문학자들은 동등한 문제를 가지고 있고 입자 물리학자들은
(첫 번째) 웹과 (두 번째) 컴퓨팅 그리드를 사용하여 문제를 해결합니다.
데비안은 프로그램에 도움이 되지만 그렇게 큰 데이터 세트를 제공하지는 않습니다.
자주 업데이트됨 - volatile.debian.org에도 없습니다. 대부분의 생물정보학 연구자들은
그러한 데이터베이스가 너무 많이 필요하지 않습니다. 그리고 더욱 더 기꺼이 공개 사용을 계속할 것입니다.
원격으로 서비스합니다.

정기적으로 데이터베이스 세트가 필요한 사람들을 위해 이 스크립트는
데이터를 다운로드하고 지수를 업데이트하는 부담을 자동화합니다. 세계는
Lion Biosciences Prisma 도구로 이러한 마법을 본 적이 있습니다.
(http://bib.oxfordjournals.org/cgi/reprint/3/4/389.pdf) 그러나 더 간단한 것은 어떻습니까
(시작으로) 적어도 우리가 원하는 것에 가까워지고 무료입니다. 목표는
생물 정보학 세계뿐만 아니라 모든 (대부분의) 커뮤니티의 요구 사항을 해결합니다. 그만큼
따라서 씨앗은 천문학의 데이터베이스로 만들어졌습니다.

이 프로그램이 거의 준비되었다고 생각되면 Debian-Med 커뮤니티에 문의하십시오.
귀하의 필요에 대해 설명하고 추가해야 할 사항을 설명하십시오. 관리하는 공용 데이터베이스
이 시스템과 통합하는 것도 피드백으로 매우 환영합니다.

옵션

--도움
이 도움

--남성
매뉴얼 페이지의 형태로 더 자세한 설명을 제시하십시오.

--말 수가 많은
필요한 것보다 한두 단어 더 말하십시오.

--mirrordir
대상 디렉토리를 지정합니다. 데이터가 폴더에 미러링됩니다.
$mirrordir/$dbname/. 이 mirrordir은 어디에도 저장되지 않는다는 점에 유의하십시오. 그만큼
디렉토리는 결과적으로 사용자가 원하는 경우 언제든지 임의의 위치로 이동할 수 있습니다.
데이터의 이동에 대해서만 알려줍니다.

--목록
설치를 요청할 수 있는 모든 데이터베이스를 나열합니다.


다운로드가 명시적으로 요청된 데이터베이스만
다운로드했습니다. 이러한 데이터베이스에는 상당한 대역폭이 필요할 수 있으므로 다음을 확인하십시오.
당신이 옳은 일을 하고 있다는 것을 압니다.

--우편
압축 풀기/인덱싱만 수행하고 데이터베이스를 검색/업데이트하지 마십시오. 이것
옵션은 새 데이터베이스 관리 시스템을
예를 들어 EMBOSS를 설치한 후.

--원천
압축 풀기/인덱싱만 수행하고 데이터베이스를 검색/업데이트하지 마십시오. 이것
옵션은 사이트 관리자가 다음과 같은 현재 분석을 알고 있을 때 유용할 수 있습니다.
인덱싱 프로세스로 인해 방해를 받아서는 안 되지만 인터넷에서 다운로드할 수 있습니다.
이미 시작되었습니다.

--confd
여러 파일을 저장할 수 있는 디렉토리 지정을 허용합니다.
호출 시 getData에서 읽습니다. 이들은 글로벌에 가치를 더할 수 있습니다.
데이터베이스 및 해당 다운로드 스크립트를 지정하는 변수 %toBeMirrored.

--구성
특정 시스템에 필요한 구성 파일 준비
데이터베이스를 다루는 것입니다. 구성이 stdout에 인쇄되고 예상됩니다.
적절한 파일 또는 폴더에 수동으로 복사할 수 있습니다. 이 과정을 상상할 수 있습니다.
아직 구현되지 않았지만 자동화됩니다. 현재 사용 가능한 지원
두 시스템:

emboss 이것은 생물 정보학을 위한 EMBOSS 도구 세트를 지정합니다(www.emboss.org).
데비안 패키지로도 제공됩니다. Uniprot의 구성
데이터베이스는 seqret 도구를 사용하여 시퀀스 검색을 허용합니다.

dre - ARC Grid 런타임 환경
런타임 환경(RE)은 ARC 그리드 미들웨어의 개념으로
더 많은 것을 배울 수 있습니다 http://www.nordugrid.org. 하기 위해서는 스크립트가 필요하다
런타임 환경의 존재를 나타냅니다. 여기에서 스크립트의 이름
에 쓰기만 하기 때문에 getData로 정의할 수는 없지만 중요합니다.
표준 출력.

불행하게도 구성은 아직 모듈화되지 않았습니다. 모두 필요합니다
getData 스크립트 자체 내에서 발생합니다.

--제거하다
이 명령은 데이터를 저장하는 폴더를 제거합니다. 원칙적으로 이것은 수행될 수 있다
일부 데이터베이스에는 제거 전후에 특별한 요구 사항이 있을 수 있지만 수동으로
모든 데이터베이스에 대해 개별적으로 지정할 수 있습니다.

사양 OF 데이터베이스

다운로드 및 사후 처리를 위한 데이터베이스는 서로 다른 두 위치에 지정됩니다.
하나는 getData 스크립트 자체이고 다른 하나는 /etc/getData.d에 저장된 파일입니다. 어느 하나
상당히 큰 해시의 요소를 정의합니다. 키는 또한 식별자입니다.
'getData --list' 지시어로 표시됩니다. 값은 다른 해시에 대한 참조입니다.
데이터베이스가 다운로드 및 게시를 위해 가지고 있는 모든 속성에 값을 할당합니다.
processing :

이름 - 사람이 읽을 수 있는 예쁘게 인쇄된 이름 또는 이해하기 쉬운 짧은 설명
이 데이터베이스에 대한 세계.
나쁜 예는 소수의 사람들이 이해하는 "DE405"의 단순한 할당입니다. 더 나은
예는 "Pfam-A: 수동으로 큐레이팅된 단백질 패밀리 및 도메인, 시드만
"description"으로 이름을 변경해야 한다고 주장할 수 있습니다.

source - 초기 다운로드 및 후속 업데이트를 수행하는 셸 명령
일반적으로 wget 도구는 다운로드에 사용됩니다. 이렇게 제시된 작은 스크립트는
mirrordir 디렉토리 아래에서 실행됩니다. 한 가지 간단한 예는 "wget ​​--mirror
ftp://ssd.jpl.nasa.gov/pub/eph/export/unix/unxp2[01]*.405". 증가함에 따라
wget 사용에 능숙하면 "--mirror"를 "--recursive"로 대체하고 싶은 유혹을 느낍니다.
--no-host-directories --no-directories --level 1 --no-parent".

post-download - 데이터가 다운로드된 후 수행할 셸 명령입니다.
간단한 (그리고 wget에 올바른 플래그를 사용할 때 불필요한) 예제는 단순한
심볼릭 링크 설정:

"다운로드 후" => "ln -s ssd.jpl.nasa.gov/pub/eph/export/unix/unxp*.405 ."

릴리스를 후속 릴리스와 병합하기 위해 TrEMBL에 더 많은 노력을 기울였습니다.
EMBOSS에 대한 업데이트 및 인덱싱:

"d=압축 해제; if [ ! -d \$d ]; then mkdir \$d; fi; "
."rm -rf \$d/trembl.dat; "
."(find ftp.ebi.ac.uk -name '*.dat.gz' | xargs -r zcat ) > \$d/trembl.dat; "
."[ -x /usr/bin/dbxflat ] "
. "&& cd \$d && "
. "dbxflat -dbresource embl -dbname trembllocal -idformat swiss -filenames=trembl.dat -fields id,acc -auto",

점은 Perl에서 문자열을 연결합니다. 이는 코드의 가독성을 높이는 데 도움이 됩니다. 언제
이 스크립트를 작성할 때 줄 바꿈이 개인을 구분하지 않는다는 점에 유의하세요.
여기에서 명령합니다. 세미콜론이 필요합니다.

권장사항 - 데이터베이스 사용을 위해 제공할 일련의 패키지를 제안하거나
인덱싱 성능.
이 정보는 현재 사용되지 않으며 이 스크립트를 다음에 더 유용하게 사용합니다.
Debian 이외의 다른 Linux 배포판.

getWgetOptions - wget 옵션을 가져오는 개인 명령
이는 다운로드 시 makefile에 의해 사용되며 대화식으로 사용하기 위한 것이 아닙니다.
언제든지 제거할 수 있습니다.

사용 예

다음은 처음 4개의 데이터베이스에 대한 식별자와 설명을 나열합니다.
시스템에서 getData를 통해 사용 가능한 영역.

./getData --mirrordir=/local/databases/mirrored --list | 머리 4

특정 데이터베이스를 설치하려면 해당 이름만 인수로 지정하십시오. 설치하는 경우
기본값이 아닌 다른 디렉토리에서 수행되면 --mirrordir을 다시 수행해야 합니다.
설정할 수 있습니다.

./getData 스위스.dat

데이터베이스를 다시 제거하려면 --remove 플래그를 사용하여 스크립트에 힌트를 제공하십시오.

./getData --swiss.dat 제거

인덱싱만 수행하고 다운로드를 우회하려면(주의, 이것은 위험합니다.
색인 파일이 데이터베이스보다 최신 상태로 표시되므로)

./getData --post swiss.dat

이러한 추가 스크립트에 대한 특별한 예외는 --config 플래그입니다.
추가 인수. 각각은 이 데이터베이스가 속할 수 있는 특정 시스템을 나타냅니다.
에 대한 관심. 현재 지원되는 두 가지 시스템이 있습니다.

ALL

이제 패키지에서 호출할 후크를 지정할 수 있는 메커니즘이 필요합니다.
데이터베이스 업데이트. 그러나 수행할 수 있는 모든 인덱싱이
사용자가 일부 패키지를 설치하기를 원하기 때문입니다. 구성 방법
이것은 제대로 결정해야 합니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 getData 사용