gff2aplot - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

gff2aplot - 쌍별 정렬을 위해 GFF 파일을 PostScript로 변환합니다.

개요

gff2aplot [옵션]

기술

이 매뉴얼 페이지는 간략하게 설명합니다 gff2aplot 명령.

gff2aplot GFF 파일에서 색상으로 채워진 정렬 플롯을 그리는 프로그램입니다.
정렬 및 두 개의 시퀀스 주석.

옵션

자체에 있는 이중 대시 "--"는 옵션의 끝과 파일 이름의 시작을 나타냅니다(
(현재). STDIN 자리 표시자로 대시("-") 하나를 사용할 수 있습니다. 사용 가능한 옵션과
간략한 설명은 다음과 같습니다.

-시간, --도움
옵션 요약을 표시합니다.

--번역
현재 버전을 표시하고 종료합니다.

-V, --말 수가 많은
자세한 모드에서는 전체 보고서가 표준 오류로 전송됩니다(기본값은 표시로 설정됨)
(경고만 있음).

-V, --로그-파일 이름
보고서는 로그 파일에 기록됩니다.

-NS, --조용한
조용한 모드, 표준 오류에 대한 메시지/경고를 표시하지 않음(보고 전용)
오류).

-NS, --페이지 크기
미리 정의된 페이지 크기 중에서 페이지 크기를 설정하려면 사용 가능한 페이지 목록을 아래에서 확인하세요.
형식).

--여백-왼쪽

--여백 오른쪽

--여백 상단

--여백-하단
각 페이지 여백을 다음과 같이 설정합니다. . 단위가 제공되지 않으면 포인트가 가정됩니다.
포인트, 밀리미터, 센티미터 또는 인치(pt, mm, cm 또는 in)를 사용할 수 있습니다.
각기).

-NS, --배경색
배경색.

-NS, -- 전경색
전경색.

-NS, --제목
줄거리 제목을 정의합니다.

-NS, --부제
줄거리 부제를 정의합니다.

-NS, --x-레이블
X축 레이블 정의.

-와이, --y-레이블
Y축 레이블 정의.

-엘, --퍼센트-상자-레이블
퍼센트 상자 레이블 정의.

-엘, --추가-상자-레이블
추가 상자 라벨 정의.

-NS, --x-시퀀스-좌표

-NS, --시작-x-시퀀스
X-시퀀스의 첫 번째 뉴클레오티드를 설정합니다.

-이자형, --끝-x-시퀀스
X-시퀀스의 마지막 뉴클레오티드를 설정합니다.

-와이, ---y-시퀀스-좌표

-에스, --시작-y-시퀀스
Y-시퀀스의 첫 번째 뉴클레오티드를 설정합니다.

-이자형, --끝-y-시퀀스
Y-시퀀스의 마지막 뉴클레오티드를 설정합니다.

--x-시퀀스-줌

--y-시퀀스-줌

-지, --줌 [ [-NS ] [-이자형 ] [-NS ] [-이자형 ] ]
이 옵션은 -S,-E,-s,-e(4개 모두 선택 사항)를 사용하여 선택한 영역을 확대/축소합니다.

-지, --줌 영역 [ [-NS ] [-이자형 ] [-NS ] [-이자형 ] ]
이 옵션은 플롯의 확대 영역을 표시하지만 확대/축소를 실행하지는 않습니다.

-NS, --정렬-이름
두 개 이상의 정렬이 있는 경우 어떤 정렬을 플로팅할지 정의합니다.
귀하의 gff 입력에.

-N, --x-시퀀스-이름
X축에 어떤 시퀀스가 표시될지 정의합니다.

-N, --y-시퀀스-이름
Y축에 어떤 시퀀스가 표시될지 정의합니다.

-NS, --aplot-xy-noteq
기본적으로 X축과 Y축의 길이는 동일하며 이 옵션을 선택하면 이러한 동작이 비활성화됩니다.
그리고 Y 시퀀스는 뉴클레오티드 길이에 비례하는 축 길이를 갖게 됩니다.

-NS, --xy-축-스케일 <X/Y 비율>
이 옵션을 사용하면 X축과 Y축 길이 사이에 다른 축척을 설정할 수 있습니다.
기본값은 '1'입니다. 1보다 작은 값은 Y를 X보다 크게 만들고 1보다 큰 값은 다음과 같습니다.
X를 Y보다 크게 만듭니다. # 더 잘 설명해야 합니다.

- 여, --aln-스케일-너비
Aplot 선의 너비에 대한 스케일링 점수입니다.

-w, --aln-스케일-색상
Aplot 선의 색상에 따른 스케일링 점수입니다.

-케이, --쇼리본
축의 모든 피처에 대한 강제 리본은 (N)one, (L)ines, (R)ribbons, (B)oth가 됩니다.

-NS, --그리드 표시
그리드를 '켜기'로 전환합니다(기본값은 '끄기'입니다).

-NS, --그리드 숨기기
그리드를 '끕니다'(사용자 정의 파일에서 켜진 경우).

-NS, --퍼센트 표시 상자
퍼센트 상자를 '켜기'로 설정합니다(기본값은 '끄기').

-NS, --숨기기-퍼센트-상자
퍼센트 상자를 '끄기'로 설정합니다(사용자 정의 파일에서 '켜기'로 설정된 경우).

-영형, --추가 상자 표시
추가 상자를 '켜기'(기본값은 '끄기')

-영형, --추가 상자 숨기기
추가 상자를 '끄기'로 설정합니다(사용자 정의 파일에서 '켜기'로 설정된 경우).

-NS, --플롯-박스-색상
플롯의 메인 상자 배경색입니다.

-NS, --퍼센트-상자-색상
퍼센트 상자 배경색.

-NS, --추가-상자-색상
추가 상자 배경색.

--nopswarnings
X 시퀀스가 최종 PostScript 그림에 나타날 수 있는 경고를 끕니다.
Y 시퀀스 및/또는 정렬 입력 데이터가 없습니다.

-ㅏ --크레딧 숨기기
플롯에서 gff2aplot 크레딧 라인을 끕니다.

-디버그
프로그램 테스트 시 변수 내용을 보고합니다. 로그 보고서 파일이 필요합니다.
옵션도 활성화되었습니다.

--레이아웃 변수 ' '

--시퀀스-변수 ' '

--소스-변수 ' '

--strand-var ' '

--그룹-변수 ' '

--기능-변수 ' '
기능/그룹/스트랜드/소스/시퀀스/레이아웃 사용자 정의 변수 로드
명령줄. 이러한 옵션을 반복하여 여러 변수를 설정할 수 있습니다.
즉 :
... --feature-var 'cds::feature_shape=box'
--feature-var 'cds::feature_color=blue' ...

-씨, --사용자 정의 파일 이름
지정된 파일에서 사용자 정의 매개변수 로드(기본값은 ".gff2aplotrc")
exists가 그 전에 로드됩니다).

gff2aplot에 정의된 색상은 다음과 같습니다.
+ 기본 색상: 검정, 흰색.
+ 색상 팔레트:
회색 분홍색 자홍색 보라색 파란색 하늘색 청록색 바다색
녹색 라임그린 노랑 주황색 빨강 갈색
"verydeep"을 사용하면 Variable Colors에서 최대 9가지 색상 음영을 얻을 수 있습니다.
"deep", "verydark", "dark", "light", "verylight", "pale" 및 "veryypale" 접두사,
예를 들어:
매우 진한 파란색, 진한 파란색, 매우 진한 파란색, 진한 파란색, 파란색, 밝은 파란색, 매우 밝은 파란색,
옅은 파란색과 매우 옅은 파란색.
+ 다이나믹한 색상: 그라데이션 레인보우.

다음 페이지 크기를 사용할 수 있습니다: A0~A10, B0~B10, 10x14,
임원용, 대형판, 원장용, 법률용, 편지용, 4절판, 성명서용 및 타블로이드용.

환경 변수

사용자는 자신의 선호도에 따라 두 가지 환경 변수를 설정할 수 있습니다.
+ gff2aplot이 쉘을 사용하여 기본 파일을 찾을 수 있는 경로를 지정할 수 있습니다.
변수 "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". 기본값은 실행 중인 경로입니다.
gff2aplot.
+ 변수를 사용하여 원하는 기본 사용자 정의 파일 이름을 정의할 수도 있습니다.
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", 사용자 정의 파일의 프로그램 기본 파일 이름은 ".gff2aplotrc"입니다.
+ 이제 gff2aplot은 임시 파일을 쓸 필요가 없으므로 이전 버전
기본 임시 디렉토리 경로 변수("GFF2APLOT_TMP")는 더 이상 사용되지 않습니다.
+ Bourne-shell과 C-shell에서 해당 변수를 설정합니다.
o Bourne-Shell(예: bash) 사용:
GFF2APLOT_CUSTOMPATH="경로" 내보내기 GFF2APLOT_CUSTOMFILE="파일_이름" 내보내기
o C-Shell 사용:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "경로" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "파일 이름"

onworks.net 서비스를 사용하여 gff2aplot을 온라인으로 사용하세요