이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gff2ps 명령입니다.
프로그램:
이름
gff2ps - GFF 파일에서 PostScript 그래픽 출력을 생성합니다.
개요
gff2ps [옵션] -- gff_files
기술
이 프로그램은 gff 형식의 데이터 필드가 있는 파일에서 색상으로 채워진 DotPlot을 그립니다. 그만큼
프로그램은 GFF 형식의 게놈 서열에 주석이 달린 특징을 입력으로 사용합니다.
PostScript로 시각적 출력을 생성합니다.
옵션
-h 옵션 요약을 표시합니다.
-H
지정한 옵션에 대한 도움말만 표시합니다.
-V Verbose 모드, 전체 보고서가 표준 오류로 전송됩니다(기본값은
경고).
-v 자동 모드: 모든 경고를 비활성화하고 표준 오류로 메시지가 전송되지 않습니다.
-d 기본 사용자 정의 파일을 작성(또는 존재하는 경우 다시 작성)합니다.
-D
주어진 파일 이름으로 새로운 기본 사용자 정의 파일을 만듭니다.
-C
주어진 사용자 정의 파일을 로드하고 기본 사용자 정의 파일(.gff2psrc)에 추가합니다.
-s
페이지 크기를 수정하는 데 유용합니다(기본값은 a4).
-p 페이지 방향을 세로로 전환합니다(기본값은 가로).
-G
FOREGROUND의 색상을 설정합니다(기본값은 검정색).
-g
BACKGROUND의 색상을 설정합니다(기본값은 흰색).
-P <#> 출력을 분할하는 데 필요한 페이지 수를 설정합니다(기본값은 XNUMX페이지).
-S <#> 첫 번째 뉴클레오티드를 확대합니다(기본값은 서열 원점임).
-E <#> 마지막 뉴클레오티드를 확대합니다(기본값은 서열 길이입니다).
-B <#> 페이지당 블록을 설정합니다(기본값은 XNUMX).
-N <#> 라인당 뉴클레오티드를 설정합니다(기본값은 입력 gff-에서 가장 큰 서열 위치입니다).
파일).
-b 왼쪽에서 오른쪽으로, 위에서 아래로 차단합니다(기본값은 위에서 아래로 먼저).
-L 헤더(제목 영역)를 끕니다.
-T
제목 정의(기본값은 입력 GFF 파일 이름)
-t
자막 정의(기본값은 없음)
-l 페이지 번호를 표시하지 않습니다.
-O 날짜를 표시하지 않습니다.
-o 시간을 표시하지 않습니다.
-M <#> 줄당 주요 눈금 수(기본값 10)
-K <#> 주요 눈금 표시는 뉴클레오티드 단위로 표시되며 기본값은 라인의 뉴클레오티드 길이입니다.
주요 눈금 번호로 나눕니다(옵션 -T 참조).
-m <#> 주요 눈금 사이의 보조 눈금 수(기본값 10)
-k <#> 뉴클레오티드 기본값의 작은 눈금 표시 크기는 주요 눈금 크기를 다음으로 나눈 값입니다.
작은 눈금 번호(옵션 -t 참조).
-w, -f 앞으로 가닥(Watson) 요소 표시를 끕니다.
-씨, -r 역가닥(크릭) 요소 표시를 끕니다.
-i 가닥 독립 요소 표시를 끕니다.
-0
프레임 "0"의 색상을 설정합니다(기본값은 파란색).
-1 프레임 "1"의 색상을 설정합니다(기본값은 빨간색).
-2 프레임 "2"의 색상을 설정합니다(기본값은 녹색).
-3 프레임 "."의 색상을 설정합니다. (기본값은 주황색입니다).
-n 요소 위치에 대한 레이블을 끕니다.
-a 플롯에서 CopyRight 라인을 끕니다.
환경 변수
사용자가 원하는 대로 설정할 수 있는 세 가지 환경 변수가 있습니다.
+ GFF2PS가 쉘을 사용하여 기본 파일을 찾을 수 있는 경로를 지정할 수 있습니다
변수 "GFF2PS_CFDIR". 기본값은 GFF2PS를 실행하는 경로입니다.
+ 변수를 사용하여 원하는 기본 사용자 정의 파일 이름을 정의할 수도 있습니다.
"GFF2PS_CUSTOMFILE", 사용자 정의 파일의 프로그램 기본 파일 이름은 ".gff2psrc"입니다.
+ GFF2PS는 현재 권한이 있는 디렉터리에 몇 개의 임시 파일을 작성해야 합니다.
사용자가 읽고 쓸 수 있습니다. 기본 임시 디렉터리 경로는 "/ tmp /" 하지만 넌 할수있어
"GFF2PS_TMP" 변수를 사용하여 다른 임시 디렉토리 경로를 할당하십시오.
Bourne-shell(bash)에서 해당 변수 설정:
GFF2PS_CFDIR="경로" 내보내기
내보내기 GFF2PS_CUSTOMFILE="파일_이름"
GFF2PS_TMP="경로" 내보내기
C 쉘(csh) 사용:
setenv GFF2PS_CFDIR "경로"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "파일_이름"
setenv GFF2PS_TMP "경로"
의견
* 정의된 색상은 다음과 같습니다.
기본 색상: 블랙 화이트
다양한 색상: 회색 마젠타 보라색 파란색 하늘색 청록색 바다 녹색 녹색 라임 녹색 노란색
오렌지 레드 브라운
Variable Colors에서 "verydark", "dark", "light" 및 "light"의 XNUMX가지 색상을 얻을 수 있습니다.
"매우 가벼운" 접두사. 예: 매우어두운바다녹색 어두운바다녹색 바다녹색 빛바다녹색
아주 가벼운 바다 녹색
* 정의된 페이지 크기는 다음과 같습니다.
A0부터 A10까지, B0부터 B10까지, 10x14, Executive, Folio, Ledger, Legal, Letter, Quarto,
성명서와 타블로이드.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gff2ps 사용
