이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 명령 glam2입니다.
프로그램:
이름
glam2 - 모티프의 갭 로컬 정렬
개요
글램2 [옵션] 알파벳 my_seqs.fa
이외의 알파벳 p or n 알파벳 파일의 이름으로 해석됩니다.
기술
GLAM2는 일반적으로 아미노산 또는
뉴클레오티드 서열. 모티프는 반복되는 시퀀스 패턴입니다. 대표적인 예는 다음과 같습니다.
TATA 상자 및 CAAX 프레닐화 모티프. GLAM2의 주요 혁신은
모티브의 삽입과 삭제.
옵션 (기본 설정)
-h
모든 옵션과 기본 설정을 표시합니다.
-o
결과물 파일 (표준 출력).
-r
정렬 실행 수(10).
-n
개선 없이 이 많은 반복 후에 각 실행을 종료합니다(10000).
-2
정방향 및 역방향 보완의 두 가닥을 모두 검사하십시오.
-z
정렬의 최소 시퀀스 수(2).
-a
정렬된 열의 최소 수(2).
-b
최대 정렬 열 수(50).
-w
정렬된 열의 초기 수(20).
-d
디리클레 혼합물 파일.
-D
삭제 유사 개수(0.1).
-E
삭제 없는 의사 수(2.0).
-I
삽입 의사 수(0.02).
-J
삽입되지 않은 의사 수(1.0).
-q
일반 대 서열 세트 특정 잔류물 존재비에 대한 중량(1e + 99).
-t
초기 온도(1.2).
-c
n 반복당 냉각 계수(1.44).
-u
온도 하한(0.1).
-p
각 반복에서 진행 정보를 인쇄합니다.
-m
사이트 샘플링 이동당 컬럼 샘플링 이동(1.0).
-x
사이트 샘플링 알고리즘: 0=빠르다 1=느림 2=FFT(0).
-s
의사 난수에 대한 시드(1).
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 glam2 사용