Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 glam2format 명령입니다.
프로그램:
이름
glam2format - GLAM2 모티프를 FASTA 또는 MSF 형식으로 변환합니다.
개요
글램2포맷 [옵션] 내_형식 my_motif.glam2
형식: fasta, msf.
기술
글램2포맷 에서 발견한 모티브를 읽습니다. 글램2, 표준 정렬 형식으로 작성합니다.
(FASTA-with-gap 또는 MSF). 이를 통해 정렬을 타사 소프트웨어로 전달할 수 있습니다.
Kalignvu, Boxshade 및 WebLogo와 같은 그래픽 시각화 도구를 포함합니다. 에
반면에 모든 모티프 정보가 보존되는 것은 아닙니다. 특히 주요 위치는
분실되었습니다. 상단 모티브만 글램2 출력이 변환됩니다.
옵션 (기본 설정)
-o
결과물 파일 (표준 출력).
-c
컴팩트하게 정렬하십시오. 기본적으로 키 위치 사이에 삽입되는 잔여물
서로 정렬되지 않은 상태로 기록됩니다. 이것이 가장 잘 반영됩니다. 글램2의도는 있지만
정렬을 크고 간격으로 가득 차게 만들 수 있습니다. 와 함께 -c, 삽입된 잔기가 기록됩니다.
그림에 나타난 것처럼 서로 임의로 정렬되어 있습니다. 글램2 출력.
-f
측면 시퀀스를 추가하여 "전역" 정렬을 만드는 시퀀스 파일
원본 FASTA 형식 시퀀스 파일. 측면 시퀀스는 다음 중 하나로 작성됩니다.
위치에 따라 서로 정렬되지 않거나 임의로 정렬됩니다. -c 선택권. 그만큼
시퀀스에는 고유한 이름이 있어야 하며 순서는 변경되지 않아야 합니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 glam2format 사용
